[英]Fast n-dimensional sparse array in Python / Cython
我有一个涉及非常稀疏的大型n维数组的应用程序。 scipy.sparse
有一个有用的'矢量化获取和设置'功能,因此可以使用Cython快速填充稀疏矩阵。
当然,scipy包不能处理n维。 我发现有两个包在python sparray
和ndsparse
中执行n维稀疏数组。 然而,它似乎既没有矢量化的获取和设置功能。
所以我需要:
为了我的目的,我认为将n维坐标映射回1或2维可能有效。 更好的是有一个dict等价物,我可以在Cython循环内快速访问。 我假设这排除了python dict
。
想知道是否有人可以给我一个如何在Cython中使用c ++地图对象的例子?
如果您决定使用C dict选项,则可以使用C ++ STL的std :: map。 您不太可能找到更快或更强大的本机代码来实现字典/地图。
cppmap.pyx:
# distutils: language = c++
cdef extern from "<map>" namespace "std":
cdef cppclass mymap "std::map<int, float>":
mymap()
float& operator[] (const int& k)
cdef mymap m = mymap()
cdef int i
cdef float value
for i in range(100):
value = 3.0 * i**2
m[i] = value
print m[10]
setup.py:
from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize
setup(name = "cppmapapp"
ext_modules = cythonize('*.pyx'))
命令行:
$ python setup.py build
$ cd build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7
$ python -c 'import cppmap'
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