在Ubuntu上从Matlab调用外部脚本失败

Question

我搜索了很多次，但没有解决问题。 我使用system（）/ unix（）从matlab调用了一个外部R脚本，发现共享库被错误加载。 我知道在Matlab中环境是错误的。 我也尝试将命令包装在xterm或gnome-terminal中，但没有成功。 如何加载正确的env变量？ 有没有办法在调用之前重设回操作系统的env变量？

>> !export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/ 
   % also tried - !export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64;
>> unix('Rscript /home/gary/testRF1.R')
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/usr/lib/R/library/stats/libs/stats.so':
  /usr/local/MATLAB/R2012a/sys/os/glnxa64/libgfortran.so.3: version `GFORTRAN_1.4' not found (required by /usr/lib/liblapack.so.3gf)
During startup - Warning message:
package ‘stats’ in options("defaultPackages") was not found 
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/usr/lib/R/library/stats/libs/stats.so':
  /usr/local/MATLAB/R2012a/sys/os/glnxa64/libgfortran.so.3: version `GFORTRAN_1.4' not found (required by /usr/lib/liblapack.so.3gf)
Error: package or namespace load failed for ‘R.matlab’
Execution halted

ans =

     1

发行：Ubuntu 12.04.3

R信息：平台x86_64-pc-linux-gnu
拱x86_64
操作系统linux-gnu
系统x86_64，linux-gnu
状态
专业3
小0.2
年2013
第09个月
第25天
svn版本63987
语言R
version.string R版本3.0.2（2013-09-25）昵称Frisbee Sailing

非常感谢，加里

Answer 1

一种解决方案是更改要使用的libgfortran。

1. 打开一个终端，然后转到“ local_MATLAB” / sys / os /“ your_os” /

2. 检查libgfortran.so.3是否是指向ligfortran.so.3.0.0的符号链接并将其删除

3. 否则，请复制libgfortran.so.3以进行备份，以防万一发生问题

4. 找到您自己的libgfortran并使符号链接指向它

在我的系统上，它看起来像：

cd /usr/local/MATLAB/R2012a/sys/os/glnxa64/
rm libgfortran.so.3
ln -s -T /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3.0.0 libgfortran.so.3

如果您使用的是UNIX，则应已安装libgfortran，可以使用以下命令找到它：

locate libgfortran

请记住重新启动MATLAB，以便应用更改

Answer 2

我假设您可以从终端成功运行Rscript。 如果真是这样，那么解决您的问题是，您要在matlab中使用setenv而不是！export。 您可能想看一下这个问题： 从Matlab启动应用程序