重复测量方差分析

Question

执行重复测量方差分析的通用代码是什么？

我目前正在使用代码：

summary(aov(Chlo~Site,data=alldata)). 

我分别测试了三个不同的站点（站点）和四个到期变量（Chlo，SST，DAC和PAR）。 我还在评估这些变量和年份（2003年至2012年之间）的任何差异：

summary(aov(Chlo~Year,data=year))

任何帮助，将不胜感激！

Answer 1

通常，应避免使用aov进行多次调用，而应使用混合效果线性模型。

您可以在Paul Gribble的这篇文章中找到几个示例

我经常使用nlme软件包，例如：

require(nlme)
model <- lme(dv ~ myfactor, random = ~1|subject/myfactor, data=mydata)

根据您可能会在更复杂的情况下运行的情况，我建议您看一看朱利安·法拉威（Julian Faraway）非常清晰的书“用R扩展线性模型：广义线性，混合效应和非参数回归模型” 。

另外，您可能要在CrossValidated上询问是否还有更具体的统计问题。

Answer 2

使用aov函数的技巧是，您只需要添加错误项。 正如其中一本指南所述 ：“错误”一词必须反映出我们“将治疗嵌套在主体内”。

因此，在您的情况下，如果Site是重复措施，则应使用：

summary(aov(Chlo ~ Site + Error(subject/Site), data=alldata))