如何用`h5py`调整HDF5数组的大小

Question

如何使用h5py Python库调整HDF5阵列的大小？

我尝试使用.resize方法并将数据chunks设置为True 。 唉，我还在遗漏一些东西。

In [1]: import h5py

In [2]: f = h5py.File('foo.hdf5', 'w')

In [3]: d = f.create_dataset('data', (3, 3), dtype='i8', chunks=True)

In [4]: d.resize((6, 3))
/home/mrocklin/Software/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/dataset.pyc in resize(self, size, axis)
--> 277         self.id.set_extent(size)
ValueError: unable to set extend dataset (Dataset: Unable to initialize object)

In [11]: h5py.__version__ 
Out[11]: '2.2.1'

Answer 1

正如Oren所提到的，如果您想稍后更改数组大小，则需要在创建dataset时使用maxshape 。 将尺寸设置为“ None允许您稍后将该尺寸调整为2 ** 64（h5的限制）：

In [1]: import h5py

In [2]: f = h5py.File('foo.hdf5', 'w')

In [3]: d = f.create_dataset('data', (3, 3), maxshape=(None, 3), dtype='i8', chunks=True)

In [4]: d.resize((6, 3))

In [5]: h5py.__version__
Out[5]: '2.2.1'

有关更多信息，请参阅文档 。

Answer 2

您需要更改此行：

d = f.create_dataset('data', (3, 3), dtype='i8', chunks=True)

至

d = f.create_dataset('data', (3, 3), maxshape=(?, ?), dtype='i8', chunks=True) 

d.resize((?, ?))

改变？ 你的大小（你也可以设置为无 ）

请阅读： http ： //docs.h5py.org/en/latest/high/dataset.html#resizable-datasets