从2个数据框列创建热图矩阵

Question

我有一个包含两列的数据框：度量1和度量2。下面提供了一个示例。 我想根据数据创建一个热图。 为了有效地做到这一点，我需要对每一列中的值进行装箱。 对于小节1，我希望箱大小为0.1，对于小节2，我希望箱大小为0.2。 我可以使用下面的代码分配垃圾箱。

因此，我认为下一步的逻辑步骤是根据度量1和度量2的bin分配创建一个计数矩阵，然后绘制热图。

我有两个问题：

1）如何更改我的箱分配的名称？ 当前它们从1开始。我想命名这些bin，以便bin名称反映该bin中的最大值，而不仅仅是1,2,3等。

2）如何从箱分配创建计数矩阵？

我期待任何建议。 谢谢。

    #test dataframe
    hsim = matrix(rnorm(100 * 2, 1, 0.25), nrow=100, ncol=2, byrow=FALSE)
    colnames(hsim) = c("measure1", "measure2")
    hsim = as.data.frame(hsim)

    #bin measure 1 by bin size of 0.1
    FindBin.m1 = function(data){
      bin = seq(from=0.52, to=1.6, by=.1) #Specify the bins
      data$bin_index = findInterval(data$measure1, bin) #Determine which bin the value is in 
      }

    hsim$m1bin = FindBin.m1(hsim)

    #bin measure 2 by bin size of 0.2
    FindBin.m2 = function(data){
      bin = seq(from=0.4, to=1.6, by=.2) #Specify the bins
      data$bin_index = findInterval(data$measure2, bin) #Determine which bin the value is in 
      }

    hsim$m2bin = FindBin.m2(hsim)

    #how would I rename the bin indicies in the functions so that they reflect the max number in the bin?
    #for example, in FindBin.m1, bin index 1 represents 0.52 to 0.62. I want to name the bin 0.62 not 1

    #create a count matrix from the m1 and m2 bin assignments that can be used to plot a heatmap

    #plot heatmap
    heatmap(matrix.to.plot)

Answer 1

我想出了如何制作计数矩阵，并使用ggplot将其作为数据帧进行了尝试。 这是我最终添加到上面的代码。

    hsim2 = hsim[,3:4]
    hsim2.t = table(hsim2)
    #basic heatmap using the count matrix
    heatmap(hsim2.t)

    hsim2.t2 = as.data.frame(hsim2.t)
    #make a nicer looking heatmap
    ggplot(hsim2.t2, aes(m1bin, m2bin)) + geom_tile(aes(fill = Freq)) + scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")

这对我来说足够好了。 我会弄清楚垃圾桶的重命名。 希望这对尝试做同一件事的其他人有所帮助。