使用R计算python中的p值

Question

我想在RI中使用RI使用python rpy2来计算python中的p值。我正在动态生成count_a和count_b，并与之一起计算p值。 当我运行脚本时，python意外关闭，并显示以下错误消息：

“错误：'rho'必须是非NULL的环境：在启动期间在C级eval中检测到-警告消息：

中止陷阱：6英寸

数据如下：

 count_a  count_b

 94       107
 109      92
 90       89
 18       13

下面是我的代码：

import rpy2.robjects as R
out= open(args.outfile, 'w')
binom=R.r['binom.test'](c(count_a,count_b))
P_val=binom['p.value'][0][0]
out.write(str(count_a) + '\t' + str(count_b) + '\t' + str(P_val)
out.close()

有什么建议或选项可以在python中计算一对值的p值吗？

Binom对象的计算：

Exact binomial test

数据：c（94L，107L）成功次数= 94，试验次数= 201，p值= 0.3974
替代假设：成功的真实概率不等于0.5 95％置信区间：0.3971286 0.5391627
样本估算：
成功的可能性
0.4676617

但是在提取p值时，出现此错误：

在getitem res = super（Vector，self）中的文件“ /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/vectors.py”的第233行。 getitem （i）TypeError：“ str”对象无法解释为索引

Answer 1

从该线程看来，早期版本的rpy2和R 3.0.2可能存在问题。 看起来R 3.0.2的推荐版本至少是rpy2-2.3.8。

Answer 2

The problem was binom.names is a  StrVector, and does not support index, however it can be     converted to a Python list easily enough,and then extract those values.

    my_vec = R.IntVector([count_a,count_b])
    binom=R.r['binom.test'](my_vec)
    names= binom.names
    names = list(names)
    P_val= binom[names.index('p.value')][0]

有关更多说明，请访问此博客http://telliott99.blogspot.com/2010/11/rpy-r-from-python-2.html