熊猫数据框到具有多个键的字典

Question

我目前正在使用由13个字母字符串（“ 13mer”）和ID码（“ Accession”）配对组成的数据框，如下所示：

但是，我想创建一个词典，其中的登录号是键，其值是与该登录关联的13mers，因此其外观如下：

{'JO2176': ['IGY....', 'QLG...', 'ESS...', ...],
 'CYO21709': ['IGY...', 'TVL...',.............],
 ...}

我已经使用以下代码完成了：

Accession_13mers = {}
for group in grouped:
    Accession_13mers[group[0]] = []
    for item in group[1].iteritems():
        Accession_13mers[group[0]].append(item[1])

但是，现在，我想回顾并遍历每个登录代码的键，并运行一个我定义为find_match_position（reference_sequence，13mer）的函数，该函数按参考顺序查找13mer并返回其位置。 然后，我想将该位置附加为13mer的值，这将是关键。

如果有人对我如何加快此过程有任何想法，那将非常有帮助。

谢谢，

贾斯汀

Answer 1

您可以通过拆包更干净地遍历整个组：

d = {}
for key, s in df.groupby('Accession')['13mer']:
    d[key] = list(s)

这也使您将函数放在何处更加清晰！

...但是，我认为它可能更适合枚举：

d2 = {}
for pos, val in enumerate(df['13mer']):
    d2[val] = pos

Answer 2

我建议创建一个新字典，其值是另一个字典。 本质上是嵌套字典。

position_nmers = {}
for key in H1_Access_13mers:
    position_nmers[key] = {} # replicate key, val in new dictionary, as a dictionary
    for value in H1_Access_13mers[key]:
        position_nmers[key][value] = # do something

要对字典进行自省，并确保它没问题：

print position_nmers