如何在不更改R中的工作目录的情况下访问子文件夹中的指定文件？

Question

在 R 中，我想访问子文件夹中的某个文件。 但我不想更改工作目录然后移回。 它失去了时间和漫长。

例如，我在/home/phuong文件夹上工作。 这是 phuong 的树结构。

phuong-> data1, data2, data3.
data1-> abc.csv, def.csv, script1.R
data2-> bond.csv, option.csv, pricing.R
data3->.....

所以我想在 abc.csv、def.csv 中加载数据并在pricing.R 中运行代码。

所以如果使用代码setwd ，它会让我失去很多时间并且看起来代码很愚蠢，就像这样：

setwd("/home/phuong/data1" );

read.csv("abc.csv");
read.csv("def.csv");
setwd("/home/phuong/data2" );
source("pricing.R")

我失去了很多次从文件夹移动到另一个文件夹，但它们都在同一个文件夹home/phuong/ 。 所以我需要一些方法来访问子文件夹中的任何文件而无需setwd命令。 请帮助我，谢谢。

Answer 1

假设您的工作目录是/home/hermie并且您想从当前 WD 下的目录加载.csv文件（比如/home/hermie/data ），您可以简单地执行以下操作：

setwd('/home/hermie')
myData <- read.csv('./data/myCsvFile.csv')

当然，您也可以在目录树中“向上”导航。 假设您要在 Bob 的主目录 ( /home/bob ) 中加载一个文件。 你可以这样做：

setwd('/home/hermie')
data_from_bob <- read.csv('../bob/otherDataFile.csv') # Of course, this will work
                                                      # only if you can read
                                                      # files from that directory

希望这可以帮助。

---

更新

不知何故，我认为您希望有人为您编写解决方案……我建议这样做：

> setwd('/home/phuong')
> data_abc <- read.csv('./data1/abc.csv')
> data_def <- read.csv('./data1/def.csv')
> source('./data2/pricing.R')

写这个真的有那么难吗？ 如果你在每一步都改变了你的 WD，你将不得不写更多。

而且，关于我对符号链接的建议，在您的 bash 终端上，您可以执行以下操作：

$ cd /home/phuong
$ ln -s ./data1/abc.csv data1_abc.csv
$ ln -s ./data1/def.csv data1_def.csv
$ ln -s ./data2/pricing.R pricing.R

然后，从 R：

> setwd('/home/phuong')
> data_abc <- read.csv('data_abc.csv')
> data_def <- read.csv('data_def.csv')
> source('pricing.R')

Answer 2

如果我了解您的要求，您可以使用 Hadley 在Advanced R 中所说的闭包：

## Make a function that takes a path and another function
## and returns that same function with the path pre-progammed in
pathit <- function(FUN, path){
    function(file, ...){
        FUN(file=file.path(path, file), ...)
    }
}

## generate new functions that have the path pre-programmed in
read.csv2b <- pathit(read.csv, "home/phuong/data1")
source2 <- pathit(source, "home/phuong/data2")


read.csv2b("abc.csv")
read.csv2b("def.csv")
source2("pricing.R")

如果你有很多东西要读，这可能是值得的，否则为什么不提供实际功能的完整路径呢？ 如果这不是你所追求的，那对我来说仍然是一次有趣的学习经历:-)

Answer 3

对我来说，学习导航文件夹最直观的方法是使用list.files("../") 。 您将看到您需要从当前位置导航到上游或下游的程度:)

Answer 4

我不知道这是否是您要查找的内容，但是我在特定 github 文件夹中有一个文件库，当我在新分支中初始化项目时，我会使用该文件夹，并且我在网上找到了一个解决方案，如下所示：

setwd("~/repos/library/all_the_things")
library_files <- list.files()
sapply(library_files, source)

这很好，除了现在我在一个目录中启动每个文件，我不想保存图等，所以我意识到它需要的是：

library_files <- list.files("~/repos/library/all_the_things", full.name=T)
sapply(library_files, source)

现在它可以在不更改目录的情况下运行它们。

Answer 5

我刚刚发现了here包。 我将它用于我正在从事的项目。 与目前提到的其他选项相比，它提供了一种更简洁的引用嵌套文件夹的方法。 举个例子：

install.packages('here')
library('here')
here::i_am("pricing.R")
read.csv(here("data1/abc.csv"));
read.csv(here("data1/def.csv"));