igraph graph.data.frame默默地将因子转换为字符向量

Question

今天，我了解到igraph在graph.data.frame中默默丢失了因子，因此顶点数据帧中的因子被转换为字符向量。 有没有办法保留因子类型，例如对于V(g)$factor_var和df <- get.data.frame(g, what="vertices"); df$factor_var df <- get.data.frame(g, what="vertices"); df$factor_var ？ 在以下代码中， gender是factor_var ：

actors <- data.frame(name=c("Alice", "Bob", "Cecil", "David", "Esmeralda"),
                     age=c(48,33,45,34,21),
                     gender=factor(c("F","M","F","M","F")))
relations <- data.frame(from=c("Bob", "Cecil", "Cecil", "David",
                               "David", "Esmeralda"),
                        to=c("Alice", "Bob", "Alice", "Alice", "Bob", "Alice"),
                        same.dept=c(FALSE,FALSE,TRUE,FALSE,FALSE,TRUE),
                        friendship=c(4,5,5,2,1,1), advice=c(4,5,5,4,2,3))
g <- graph.data.frame(relations, directed=TRUE, vertices=actors)
g_actors <- get.data.frame(g, what="vertices")

# Compare type of gender (before and after)
is.factor(actors$gender)
is.factor(g_actors$gender)

在此可重现的示例中，actors $ gender是一个因素，而g_actors $ gender不是。 我认为应该如此。 在文档中，我没有对此问题发表任何评论。

这很重要，因为通过get.data.frame导出顶点get.data.frame进行线性回归会get.data.frame因子（线性回归会将因子转换为虚拟变量，但会忽略字符向量）。 我注意到了，因为我的因子变量在输出中消失了。

当然，在从igraph导出后，我可以重新创建因子，但这很繁琐，因为我有很多图并且级别排序都是错误的（而且我不认为这是必要的，除非igraph无法在其整个过程中支持这种行为C ++和python版本）。

瑞安

Answer 1

是的， graph.data.frame有

newval <- d[, i]
if (class(newval) == "factor") {
  newval <- as.character(newval)
}
attrs[[names(d)[i]]] <- newval

因此它将因子转换为字符。 我不确定为什么，但是它一直存在着： https : //github.com/igraph/igraph/blame/c5849a89739c0dd058ff0a770aff2443745636fa/interfaces/R/igraph/R/structure.generators.R#L602

解决方法是，可以使用其他名称创建该函数的副本，然后删除这三行。

如果您认为这是一个错误，那么也请在https://github.com/igraph/igraph/issues上打开一个问题，我将添加一个不太转换的选项。 我认为默认值仍然会是转换，因为它已经存在很长时间了，人们可能会依赖它。