igraph graph.data.frame默默地將因子轉換為字符向量

Question

今天，我了解到igraph在graph.data.frame中默默丟失了因子，因此頂點數據幀中的因子被轉換為字符向量。 有沒有辦法保留因子類型，例如對於V(g)$factor_var和df <- get.data.frame(g, what="vertices"); df$factor_var df <- get.data.frame(g, what="vertices"); df$factor_var ？ 在以下代碼中， gender是factor_var ：

actors <- data.frame(name=c("Alice", "Bob", "Cecil", "David", "Esmeralda"),
                     age=c(48,33,45,34,21),
                     gender=factor(c("F","M","F","M","F")))
relations <- data.frame(from=c("Bob", "Cecil", "Cecil", "David",
                               "David", "Esmeralda"),
                        to=c("Alice", "Bob", "Alice", "Alice", "Bob", "Alice"),
                        same.dept=c(FALSE,FALSE,TRUE,FALSE,FALSE,TRUE),
                        friendship=c(4,5,5,2,1,1), advice=c(4,5,5,4,2,3))
g <- graph.data.frame(relations, directed=TRUE, vertices=actors)
g_actors <- get.data.frame(g, what="vertices")

# Compare type of gender (before and after)
is.factor(actors$gender)
is.factor(g_actors$gender)

在此可重現的示例中，actors $ gender是一個因素，而g_actors $ gender不是。 我認為應該如此。 在文檔中，我沒有對此問題發表任何評論。

這很重要，因為通過get.data.frame導出頂點get.data.frame進行線性回歸會get.data.frame因子（線性回歸會將因子轉換為虛擬變量，但會忽略字符向量）。 我注意到了，因為我的因子變量在輸出中消失了。

當然，在從igraph導出后，我可以重新創建因子，但這很繁瑣，因為我有很多圖並且級別排序都是錯誤的（而且我不認為這是必要的，除非igraph無法在其整個過程中支持這種行為C ++和python版本）。

瑞安

Answer 1

是的， graph.data.frame有

newval <- d[, i]
if (class(newval) == "factor") {
  newval <- as.character(newval)
}
attrs[[names(d)[i]]] <- newval

因此它將因子轉換為字符。 我不確定為什么，但是它一直存在着： https : //github.com/igraph/igraph/blame/c5849a89739c0dd058ff0a770aff2443745636fa/interfaces/R/igraph/R/structure.generators.R#L602

解決方法是，可以使用其他名稱創建該函數的副本，然后刪除這三行。

如果您認為這是一個錯誤，那么也請在https://github.com/igraph/igraph/issues上打開一個問題，我將添加一個不太轉換的選項。 我認為默認值仍然會是轉換，因為它已經存在很長時間了，人們可能會依賴它。