无法在 R 3.0.2 (ubuntu 14.04) 上安装 RMySQL

Question

到目前为止，我遇到了这个错误；

Configuration error:
  could not find the MySQL installation include and/or library
  directories.  Manually specify the location of the MySQL
  libraries and the header files and re-run R CMD INSTALL.

INSTRUCTIONS:

1. Define and export the 2 shell variables PKG_CPPFLAGS and
   PKG_LIBS to include the directory for header files (*.h)
   and libraries, for example (using Bourne shell syntax):

      export PKG_CPPFLAGS="-I<MySQL-include-dir>"
      export PKG_LIBS="-L<MySQL-lib-dir> -lmysqlclient"

   Re-run the R INSTALL command:


      R CMD INSTALL RMySQL_<version>.tar.gz

2. Alternatively, you may pass the configure arguments
      --with-mysql-dir=<base-dir> (distribution directory)
   or
      --with-mysql-inc=<base-inc> (where MySQL header files reside)
      --with-mysql-lib=<base-lib> (where MySQL libraries reside)
   in the call to R INSTALL --configure-args='...' 

   R CMD INSTALL --configure-args='--with-mysql-dir=DIR' RMySQL_<version>.tar.gz

ERROR: configuration failed for package ‘RMySQL’
* removing ‘/home/samuel/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RMySQL’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘./RMySQL_0.9-3.tar.gz’ had non-zero exit status

所以我遵循它在 1 中所说的。

我输入

export PKG_CPPFLAGS="-I</usr/include/mysql>"
export PKG_LIBS="-L</usr/lib/mysql> -lmysqlclient"

然后在终端上再次尝试使用他们给我的命令进行安装

 R CMD INSTALL RMySQL_<version>.tar.gz

我明白了；

checking for unistd.h... yes
checking mysql.h usability... no
checking mysql.h presence... no
checking for mysql.h... no
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I</usr/include/mysql>     -fpic  -O3 -pipe  -g  -c RS-DBI.c -o RS-DBI.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I</usr/include/mysql>     -fpic  -O3 -pipe  -g  -c RS-MySQL.c -o RS-MySQL.o
In file included from RS-MySQL.c:22:0:
RS-MySQL.h:32:19: fatal error: mysql.h: No existe el archivo o el directorio
 #include <mysql.h>
                   ^
compilation terminated.
make: *** [RS-MySQL.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RMySQL’

所以查找我发现了这个建议；

安装 RMySQL 出现错误 RS-MySQL.h:32:19: fatal error: mysql.h: No such file

并遵循它在这里所说的：

http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/RMySQL

我不明白这一步；

3. 编辑或创建文件 Renviron.site 并添加包含 MySQL 安装位置的变量 MYSQL_HOME。 安装 R 时通常不会创建该文件，因此您可能需要自己创建它。 您需要将它放在 R Home 区域的 /etc 目录下。 如果您不知道那在哪里，可以在 R 提示符下发出 R.home() 。 您将在 variable=value 语法中添加一个名为 MYSQL_HOME 的变量。 下面是一个例子： Renviron.site 的位置：C:/PROGRA~1/R/R-2.11~1.0/etc/Renviron.site 内容是：MYSQL_HOME=C:/PROGRA~1/MySQL/MYSQLS~1.0/

因为，当我在 Renviron.site 时，它​​不允许我对其进行任何编辑，我也不知道我应该在那里放什么，无论如何，我写

MYSQL_HOME=C:/PROGRA~1/MySQL/MYSQLS~1.0/***

但我无法保存它，它不允许我，因为它说我不允许，而且我无法在 /etc/ 中创建新文件或任何内容

Answer 1

对我来说，我只需要获得包含这些文件的正确包

sudo apt-get install libmysqlclient-dev

Answer 2

对于我的 ubuntu 版本 14.04.3，我需要做的就是：

install.packages("RMySQL", dependencies=TRUE)

不久前在 Windows 机器上遇到了更多问题，但事实证明这是与 perl 的兼容性问题，因此我 (1) 卸载了 perl，(2) 以相同的方式安装了 RMySQL，然后 (3) 重新安装了 perl。

从那以后一直工作。

Answer 3

你的输入是错误的，首先去掉大于号和小于号。 然后对于 MySQL 包含目录运行命令：

$ mysql_config --include

所以，如果它与您已经提供的路径相同，而不是：

export PKG_CPPFLAGS="-I</usr/include/mysql>"

进入：

export PKG_CPPFLAGS="-I/usr/include/mysql"

对于库路径输入命令：

$ mysql_config --libs

和上面一样，进入没有标志的路径对我来说就像：

export PKG_LIBS="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lmysqlclient"

最后在最后输入而不是“version”指定一个版本号。 这些步骤应该可以解决您的问题。 要在 /etc/ 目录中进行编辑和写入，您应该具有权限，如果您是管理员，则可以通过 sudo 命令执行此操作。 以及您提供的路径适用于 Windows 而不是 linux。

Answer 4

这个对我有用：

sudo apt-get install r-cran-rmysql

Answer 5

当我尝试在 R 中安装 RMySQL 时，它提示一条错误消息：

Configuration failed because no mysql client library was found. Try installing:
 * deb: libmariadbclient-dev | libmariadb-client-lgpl-dev (Debian, Ubuntu)

然后我就做了：

sudo apt-get install libmariadbclient-dev
sudo apt-get install libmariadb-client-lgpl-dev

我能够使用以下方法在 R 中安装 RMySQL：

install.packages("RMySQL", dependencies=TRUE)

Answer 6

这是因为机器中缺少 mysql.h（头文件）文件。

Setp :1尝试从机器中找到 mysql.h 文件

find / -name mysql.h

如果找不到Setp :2尝试重新安装

sudo yum reinstall mysql-devel
Sudo yum reinstall mysql-client

如果它的社区服务器

sudo yum reinstall mysql-community-devel
Sudo yum reinstall mysql-community-client

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