f2py：如何将二维列表传递给fortran 77

Question

我很难将2D数组传递给fortran。 我想结合一堆不重叠的光谱。 首先，我选择x轴上的点，然后将所有数据插值到这个新的公共网格中。 我将光谱存储在python的2D列表中。

这在Python 2.7中有效，但是非常慢：

for i in range(len(wlp)):
  print wlp[i],
  for a in range(len(datax)):
    inrange = 0
    if datax[a][0] >= wlp[i] or datax[a][-1] <= wlp[i]:
      for b in range(len(datax[a])-1):
        if float(datax[a][b]) <= wlp[i] and float(datax[a][b+1]) >= wlp[i]:
          sp = float(datax[a][b]); ep = float(datax[a][b+1])
          delx = ep-sp; dely = float(data[a][b+1])-float(data[a][b])
          ji =  (dely/delx)*(wlp[i]-sp)+float(data[a][b])
          inrange = 1
    if inrange == 0: ji = '?0'
    else: ji = ji * weights[a]
    print ji,
  print

通用x网格打印在第一列中，所有内插光谱都打印在后续列中。 如果有一些较短的超出范围，则会显示“？0”。 这有助于以后为每个数据点设置适当的权重。

我最终有了这个fortran子例程，以使用f2py加快了速度：

c wlp = x axis points (wavelength)
c lenwlp = length of list wlp, len(wlp)
c datay = 2D python list with flux
c datax = 2D python list with wavelength
c lendatax = number of spectra, len(datax)
c datax_pl = list of the lengths of all spectra
c weights = list of optional weights
c maxi = length of the longest spectrum   

C============================================================================80
       SUBROUTINE DOIT(wlp,lenwlp,datay,datax,lendatax,datax_pl,
     .                 weights,maxi)
C============================================================================80
       INTEGER  I,a,b,lenwlp,inrange,datax_pl(*),maxi,lendatax
       DOUBLE PRECISION WLP(*),SP,EP,DELY,DELX,ji
       DOUBLE PRECISION WEIGHTS(*)
       DOUBLE PRECISION DATAY(lendatax,maxi)
       DOUBLE PRECISION DATAX(lendatax,maxi)   

 2     FORMAT (E20.12,  1X, $)
 3     FORMAT (A, $)
 4     FORMAT (1X)
       I = 1
       DO WHILE (I.LE.lenwlp)
         WRITE(*,2) WLP(I)
         DO a=1,lendatax
           inrange = 0
           ji = 0.0
           IF (datax(a,1).ge.WLP(I) .or.
     .         datax(a,datax_pl(a)).le.WLP(I)) THEN
             DO b=1,datax_pl(a)-1
               IF (DATAX(a,b).LE.WLP(I) .and.
     .           DATAX(a,b+1).GE.WLP(I)) THEN
                   SP = DATAX(a,b); EP = DATAX(a,b+1)
                   DELX = EP - SP; DELY = datay(a,b+1)-datay(a,b)
                   if (delx.eq.0.0) then
                     ji = datay(a,b)
                   else
                     ji = (DELY/DELX)*(WLP(I)-SP)+datay(a,b)
                   end if
                   inrange = 1
               END IF
             END DO
           END IF
           IF (inrange.eq.0) THEN
             WRITE(*,3) ' ?0'
           ELSE
             WRITE(*,2) ji*WEIGHTS(a)
           END IF
         END DO
         I = I + 1
         write(*,4)
       END DO
       END

可以使用gfortran 4.8进行编译。 然后，将其导入Python代码中，设置列表并运行子例程：

import subroutines
wlp = [...]
data = [[...],[...],[...]]
datax = [[...],[...],[...]]
datax_pl = [...]
weights = [...]
maxi = max(datax_pl)

subroutines.doit(wlp,len(wlp),data,datax,len(datax),datax_pl,weights,maxi)

它返回：

ValueError: setting an array element with a sequence.

我通过列表和最长频谱的长度（maxi），这应该在fortran（？）中定义最大尺寸。 我不需要返回值，所有内容都打印在stdout上。

这个问题一定是在数组声明的开头。 我对此没有经验。

Answer 1

正如我在评论中所说，您无法将Python列表传递给f2py过程。 您必须使用与Fortran或C数组兼容的numpy数组。

您显示的错误消息来自此问题。

您可以从列表http://docs.scipy.org/doc/numpy/user/basics.creation.html创建数组