R：在cmeans中实施Mahalanobis [e1071]

Question

我只是想知道cmeans函数（在软件包e1071中）是否有一种方法可以使用马氏距离进行聚类？

非常感谢

Answer 1

e1071软件包没有马哈拉诺比斯选项。 但是，您可以查看cluster软件包和fanny函数。 根据帮助页面，它还会将数据模糊聚类到k个聚类中。 使用此功能，您可以提供自己的距离矩阵。

因此，对于马哈拉诺比斯距离，您可以使用dist计算距离矩阵，然后运行聚类。

require(cluster)
set.seed(123)
x<-rbind(matrix(rnorm(100,sd=0.3),ncol=2),
         matrix(rnorm(100,mean=1,sd=0.3),ncol=2))
y <- dist(x, "mahalanobis")
fanny(y, k=2)

鉴于您对函数之间的等效性存在可理解的担忧，下面是一个比较它们的示例：

require(e1071)
cl<-cmeans(x,centers=2,iter.max=20,dist="euclidean",method="cmeans",m=2)
fl <- fanny(x, k=2, maxit=20, metric="SqEuclidean", memb.exp=2)

> head(cl$membership)
             1           2
[1,] 0.9948729 0.005127121
[2,] 0.3647778 0.635222221
[3,] 0.9290126 0.070987385
[4,] 0.7588260 0.241174043
[5,] 0.9282550 0.071745007
[6,] 0.9599231 0.040076886
> head(fl$membership)
          [,1]        [,2]
[1,] 0.9948722 0.005127775
[2,] 0.3647890 0.635211040
[3,] 0.9290171 0.070982905
[4,] 0.7588304 0.241169649
[5,] 0.9282575 0.071742489
[6,] 0.9599221 0.040077878

尽管不完全相同，但您可以看到它们之间非常接近。 您还将注意到，范妮指定欧几里得距离的平方，这就是cmeans所做的。 这等价指出的腰包帮助页面?fanny下的度量。