与命令行参数并行运行多个R脚本

Question

我有一个R脚本，可以对一条染色体进行分析。 我想针对每个染色体（1-22，X和Y）重复运行此脚本。 现在，我已将脚本设置为接受命令行中的一个参数，即染色体编号。 我想同时向服务器提交多个作业，因为对一条染色体的分析需要几个小时。 在研究了一些选项并仔细检查了所有内容之后，我仍然不确定最好的选择是什么，因为我从未与服务器（Sun Grid Engine服务器）并行提交作业。 我研究了GNU parallel但不确定如何使用它，甚至不确定是否可以在R脚本中运行。 也许将所有内容都放入shell脚本中，然后提交给服务器？ 这是一个非常基本的问题，但是任何方向将不胜感激！

Answer 1

parallel Rscript plot_LRR_BAF_chromosome_parallel ::: {1..22} X Y

Answer 2

使用带有选项-j GNU make ，将R脚本中的__CHROM__替换为染色体名称。

chroms=1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

define method1

$$(addsuffix .out,$(1)) : script.R
    cat $$< | sed 's/__CHROM__/$(1)/g' | R --nosave > $$@

endef

all: $(addsuffix .out,$(chroms))

$(foreach C, $(chroms),$(eval $(call method1, $(C) )))