带有蒙版无效值的pcolormesh

Question

我试图将一维数组绘制为pcolormesh（因此颜色沿x轴变化，但对于每个x在y轴上是恒定的）。 但是我的数据有一些不好的值，所以我使用了一个蒙版数组和一个自定义颜色图，其掩码值设置为蓝色：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.cm as cm
import copy

a = np.array([3, 5, 10, np.inf, 5, 8])
a = np.ma.masked_where(np.isinf(a), a)
imdata = np.vstack((a, a))
myhot = copy.copy(cm.hot)
myhot.set_bad('b', 1)

fig, ax = plt.subplots()
im = ax.pcolormesh(imdata, cmap=myhot)
plt.colorbar(im)
plt.show()

如果我没有np.inf值，它工作正常，但如果我这样做，我只会得到一个空白的情节。 我似乎误解了set_bad工作方式，因为我得到了一个额外的警告：

RuntimeWarning: invalid value encountered in true_divide
  resdat /= (vmax - vmin)

我应该怎么做才能得到我想要的效果？

Answer 1

你需要掩盖imdata ，不一定a ：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

a = np.array([3, 5, 10, np.inf, 5, 8])
imdata = np.ma.masked_invalid(np.atleast_2d(a))
cmap = plt.cm.hot
cmap.set_bad('b', 1)
fig, ax = plt.subplots()
im = ax.pcolormesh(imdata, cmap=cmap)

plt.colorbar(im)
plt.show()

---

如果你在交互式会话中查看imdata ，你会看到

In [185]: imdata
Out[185]: 
masked_array(data =
 [[  3.   5.  10.  inf   5.   8.]
 [  3.   5.  10.  inf   5.   8.]],
             mask =
 False,
       fill_value = 1e+20)

在上面， mask=False意味着什么都没有被掩盖。 如果用np.ma.masked_invalid包装它，那么：

In [186]: np.ma.masked_invalid(imdata)
Out[186]: 
masked_array(data =
 [[3.0 5.0 10.0 -- 5.0 8.0]
 [3.0 5.0 10.0 -- 5.0 8.0]],
             mask =
 [[False False False  True False False]
 [False False False  True False False]],
       fill_value = 1e+20)

屏蔽a的问题是np.vstack不尊重掩码。 或者，您可以使用np.ma.vstack 。 一般来说，只有np.ma命名空间中的函数np.ma遵循掩码。

但是，你实际上并不需要在这里使用vstack ; np.atleast_2d会这样做。 vstack创建一个shape (2, N)数组，而np.atleast_2d创建一个shape (1, N)数组。

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另一种方法是使用set_over而不是set_bad 。 这样可以避免完全需要掩码数组：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

a = np.array([3, 5, 10, np.inf, 5, 8])
imdata = np.atleast_2d(a)
cmap = plt.cm.hot
cmap.set_over('b')
cmap.set_under('g')
fig, ax = plt.subplots()

b = a[np.isfinite(a)]
im = ax.pcolormesh(imdata, cmap=cmap, vmin=b.min(), vmax=b.max())

plt.colorbar(im, extend='both')
plt.show()

extend='both'与set_over和set_under 一起在colorbar上给出了很少的彩色箭头，表示用于超出colorbar范围的值的颜色。