方差分析的一种方法：事后比较“在图形中添加字母”

Question

我正在为我的一个班级做一个项目，在使用tukeyHSD事后测试后无法弄清楚如何获得用于比较的字母。

有没有简单的方法可以做到这一点？

这是我的代码：

博尔德研究

rm(list=ls())
getwd()
setwd('/Volumes/9163980664/GIS/Boulder_Field/CSV_files')
list.files()
bodega <- read.table('biotic_stats.csv', sep=',', h=T)
head(bodega[,1:5])
length(bodega$Face[bodega$Face=='E'])
length(bodega$Face[bodega$Face=='N'])
length(bodega$Face[bodega$Face=='S'])
length(bodega$Face[bodega$Face=='W'])

单向方差分析

boulder_face <- bodega$Face
proportion_rockweed <- bodega$Pelvetiopsis_prop_cover_

Barplot

setwd('/Volumes/9163980664/GIS/Boulder_Field/R_code_graphs_stats')
ylab = 'Rockweed Proportion'
xlab = 'Face of Boulder'
graphics.off(); quartz(width=4, height=4); par(mai=c(1.2,1.2,.3,.5), cex=1.4)
plot(proportion_rockweed ~ boulder_face, data=bodega, col="grey", ylab=ylab, xlab=xlab)
dev.print(png, file = "Bodega_Rockweed_boxplot.png", wid = 480, height = 480)

方差分析

bodega.anova <- aov(proportion_rockweed ~ boulder_face, data = bodega)
summary(bodega.anova)
TukeyHSD(bodega.anova)
help(aov)

这是我尝试过的

TukeyHSD(bodega.anova)
quartz(width=4, height=4); par(mai=c(1.2,1.2,1,1), cex=1)
plot(TukeyHSD(bodega.aov))
bodega.anova <- aov(proportion_rockweed ~ boulder_face, data = bodega)

library(multcompView)
multcompLetters(extract_p(TukeyHSD(bodega.anova)))

Answer 1

我刚刚看到了 您可以使用lsmeans软件包并轻松获取它们

library(lsmeans)
cld(bodega.anova, "boulder_face")

这要求安装multcompView软件包。 Tukey方法是默认方法，但是您可以使用adjust参数指定其他调整。