在HPC群集上从八度调用R脚本时出错

Question

我有一个octave脚本，该脚本调用R脚本在HPC群集上进行一些计算。 计算过程如下：

1. 在群集上提交作业以分配计算节点，然后将计算分配到该节点中的每个CPU。 Shell脚本的一部分看起来像这样

    count=0 HOSTLIST= for host in `cat $PBS_NODEFILE` do HOSTLIST[$count]=$host count=$(($count+1)) done ... ... ... mkdir case_$count cd case_$count export workdir=`pwd` remotehost=${HOSTLIST[$pcount]} ssh -n $remotehost "cd $workdir; export PATH=$PATH:$workdir; octave $MFILE > /dev/null" & 

2. 为简单起见，示例$MFILE内容为

    printf("Calling R script from Octave \\n"); system('./hello_world.R'); 

3. hello_world.R

    #!/usr/bin/Rscript print("Hello World!") 

4. 运行时遇到错误

    sh: ./hellow_world.R: /usr/bin/Rscript: bad interpreter: No such file or directory 

5. 我的一些环境变量（以防万一）

    $ echo $PATH /usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/cuda/bin:/opt/ganglia/bin:/opt/ganglia/sbin:/usr/java/latest/bin:/opt/maven/bin:/opt/maui/bin:/opt/torque/bin:/opt/torque/sbin:/opt/pvfs2/bin:/opt/rocks/bin:/opt/rocks/sbin $ which Rscript /usr/bin/Rscript $ which R /usr/bin/R 

如果我从命令行运行$MFILE ，它可以正常工作，并且可以正常打印所需的输出。 我尝试了许多我无法在网上找到的解决方案

有人知道出了什么问题吗？ 感谢您的任何建议！

Answer 1

问题是R已加载到登录节点上，但未加载到计算节点上。 因此，在作业提交脚本中，必须先执行一行以加载R然后再进行任何计算。 例如：

    module load r/3.4.3

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