将向量和参数从Python传递到R函数

Question

我正在学习Python和R，并且在将参数从Python传递到名为“Contours”的R函数时遇到了问题。 以下作品.....

Python（testr.py）

import rpy2.robjects as robjects
robjects.r('''
       source('Wrapper.R')
''')

r_myfunc = robjects.globalenv['Contours']
r_myfunc()

R（Wrapper.R）

source ('./DrawCompRecVark.R')
imageDirectory="./tmp/"
    Contours <- function()
    {
      k=c(0,1)
      sens=c(0.8, 0.9, 0.95, 0.995)
      spec=0.8
      prev=0.001
      N=1
      uniqueId=1
      #graph
      prepareSaveGraph(imageDirectory, "PPVkSensSpec-", uniqueId)
      DrawSensSpec(k, sens, spec, prev, N)
      dev.off()

      #save the cNPV graph
      prepareSaveGraph(imageDirectory, "cNPVkSensSpec-", uniqueId)
      DrawVarcSpec(k, sens, spec, prev, N)
      dev.off()
    }

所以你可以说，我对R代码中的值的硬编码工作得很好，这是从Python到R的传递抛出了我。 我试过这个....

R功能

Contours <- function(k, sens, spec, prev, N, uniqueId)

并尝试像这样从Python传递....

r_myfunc( c(0,1), c(0.8, 0.9, 0.95, 0.995), 0.8, 0.001, 1, 986)

和

r_myfunc( "c(0,1)", "c(0.8, 0.9, 0.95, 0.995)", 0.8, 0.001, 1, 986)

两者都不奏效。 有没有人遇到过这个？ 任何指向正确方向的人都会非常感激。 JW

Answer 1

您可以导入R源，就像它是一个包（请参阅http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.5/html/robjects_rpackages.html#importing-arbitrary-r-code-as-a-package ）

import os
from rpy2.robjects.packages import SignatureTranslatedAnonymousPackage

with open('Wrapper.R') as fh:
    rcode = os.linesep.join(fh.readlines())
    wrapper = SignatureTranslatedAnonymousPackage(rcode, "wrapper")

现在要调用该命名空间中存在的Contours函数，您只需使用wrapper.Contours但您必须使用Python语法。 在R中，scalars是长度为1的向量，但在Python中，标量和序列是完全不同的。

如果你想使用R的c() ：

from rpy2.robjects.packages import importr
base = importr("base")
wrapper.Contours(base.c(0,1),
                 base.c(0.8, 0.9, 0.95, 0.995),
                 0.8, 0.001, 1, 986)

除此以外：

from rpy2.robjects.vectors import IntVector, FloatVector
wrapper.Contours(IntVector((0,1)),
                 FloatVector((0.8, 0.9, 0.95, 0.995)),
                 0.8, 0.001, 1, 986)