使用 h5py 删除 hdf5 数据集

Question

有没有办法从 hdf5 文件中删除数据集，最好使用 h5py？ 或者，是否可以覆盖一个数据集同时保持其他数据集完好无损？

据我了解，h5py 可以在 5 种模式下读/写 hdf5 文件

f = h5py.File("filename.hdf5",'mode')

其中，模式可以是r读取， r+为读写， a用于读写而是创建一个新的文件，如果它不存在， w写/改写， w-这是一样的w但如果文件已经失败存在。 我已经尝试了所有但似乎没有工作。

任何建议都非常感谢。

Answer 1

是的，这是可以做到的。

with h5py.File(input,  "a") as f:
    del f[datasetname]

您需要以可写模式打开文件，例如追加（如上）或写入。

正如@seppo-enarvi 在评论中所指出的，之前推荐的f.__delitem__(datasetname)函数的目的是实现del运算符，以便可以使用del f[datasetname]删除数据集

Answer 2

我试过了，我实际上可以减小文件大小的唯一方法是将所有内容复制到一个新文件中，而只留下我不感兴趣的数据集：

fs = h5py.File('WFA.h5', 'r')
fd = h5py.File('WFA_red.h5', 'w')
for a in fs.attrs:
    fd.attrs[a] = fs.attrs[a]
for d in fs:
    if not 'SFS_TRANSITION' in d: fs.copy(d, fd)

Answer 3

我不明白您的问题与文件打开模式有什么关系。 对于读/写 r+ 是要走的路。

据我所知，删除并不容易/不可能，特别是无论你做什么，文件大小都不会缩小。

但是覆盖内容没问题

f['mydataset'][:] = 0

Answer 4

我想让您了解我的一位同事在开源中进行的一项开发工作。 它被称为h5nav 。 您可以使用 pip install ( https://pypi.org/project/h5nav/ ) 下载它。

pip install h5nav

h5nav toto.h5
ls
rm the_group_you_want_to_delete
exit

请注意，您仍然必须使用 h5repack 来减小文件的大小。

最好的，杰罗姆