Python中的tifffile不写16bit tiff

Question

我寻找重复项，但不确定类似问题的答案...

我在Python中使用tifffile读取多页tiff（16位），获取第一个通道页面/通道，对其进行模糊处理并将其另存为16位tiff。

import os
import matplotlib.pyplot as plt
import tifffile as tiff
from scipy import misc

tiff_list = []

for i in files_list[0]:
    tiff_list.append(tiff.imread('/filepath_to_tiff_folder/'+i))

blurred_list = []

for i in tiff_list:
    blurred_list.append(ndimage.gaussian_filter(i[0], sigma=3))

for i,v in enumerate(blurred_list):
    misc.imsave('/filepath/testblur2/'+str(files_list[0][i])+'_Brightfield_Blur.tif', v)

在这里， files_list只是files_list文件名的列表。

上面的代码对于模糊和保存tiff绝对有效，但是将其保存为8位。

我可以在上面添加一些内容以使其保持16位，还是必须使用其他方法？

Answer 1

您正在使用scipy而不是tifffile保存图像。

使用tifffile.imsave保存16位图像，例如：

from glob import glob
from scipy import ndimage
from tifffile import imread, imsave

for filename in glob('*.tif'):
    i = imread(filename)
    i = ndimage.gaussian_filter(i[0], sigma=3)
    imsave('blurred_' + filename, i)