找不到shapeit命令-用于GWAS移相的shapeit安装

Question

我想安装用于Shape的GWAS移相和归纳。 我从Shapeit网站下载了macOS的Shapeit版本：

https://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/shapeit/shapeit.html#download

我提取了文件，并得到了shapeit可执行文件，示例文件夹和许可文件。

接下来，我在Mac中打开终端，将目录cd到shapeit文件夹，然后按照网站的指导输入命令行：

shapeit -B gwas \
        -M genetic_map.txt \
        -O gwas.phased

我得到了回应：

shapeit command not found.

我想这意味着我需要安装shapeit或为shapeit设置路径。 但是我不知道该怎么办。 我对Macos非常陌生。

有人可以帮我吗？

Answer 1

1. 尝试使用./shapeit代替shapeit ，或
2. 首先运行cp shapeit /usr/local/bin然后重试。