[英]Is it possible to update dataset dimensions in hdf5 file using rhdf5 in R?
[英]How can we have unlimited dimensions for a dataset in HDF5 File using RHDF5 package?
尽管它似乎与已经存在的问题相似: 是否可以使用rhdf5-in-r在hdf5-文件中更新数据集维度,但它们并不完全相同。
在RHDF5文档中,我们定义了使用h5createDataset()(使用maxdims参数)创建数据集时,可以定义数据集可以具有的最大尺寸。 但是,如果我们事先不知道数据集的尺寸怎么办,例如,我们可能会遇到这样的情况:数据集的大小在不断增加,因此,我们不知道数据集可以达到的最大尺寸。
在上述问题的答案中,提到可以借助数据空间和HDF5常量完成此操作。
任何人都可以对如何使用HDF5常数和数据空间给出一些想法吗?
在对功能h5createDataset()
进行一些试验时,我发现了一种方法:
> library(rhdf5)
> fid <- H5Fcreate('test.h5')
> h5createGroup(fid,'1')
[1] TRUE
> h5createDataset(fid,'1/1',dims = c(2,2,2),maxdims = c(Inf,Inf,Inf))
[1] TRUE
Warning message:
In H5Screate_simple(dims, maxdims) :
NAs introduced by coercion to integer range
> arr <- array(c(1:8),c(2,2,2))
> h5write(arr,fid,'1/1')
> h5read(fid,'1/1')
, , 1
[,1] [,2]
[1,] 1 3
[2,] 2 4
, , 2
[,1] [,2]
[1,] 5 7
[2,] 6 8
如果我在某个地方错了或者有更好的方法可以纠正我。
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