在 R 中引导。 使用 Nagelkerke R-Squared

Question

我是 R 新手。我尝试在 R 中使用 boot() 函数，方法是使用 Nagelkerke R 平方作为statistics参数。 我知道我需要一个函数来测量重采样的原始 Nagelkerke R 平方。 但是，我不知道应该把什么作为统计函数。

我知道 Nagelkerke R-squared 可以通过使用给定 Logit 回归的偏差和 Null.deviance 来计算。 我编写了计算 Nagelkerke R 平方的函数。

  NagR2 <- function(Objects){

  n <- nrow(Objects)
  
  reg <- glm(form,
                    family = binomial("logit"), data = datainput)

  mo <- stepAIC(regression,direction = c("backward"), trace = FALSE)
  
  
  R2cox <-  1- exp((mo$deviance - mo$null.deviance)/n)
  R2nag <-  R2cox/(1-exp((-mo$null.deviance)/n))
  R2nag
  }

我应该如何更改 NagR2 函数，以便可以在boot()函数中将其用作统计信息？

Answer 1

您需要更改函数，将输入 data.frame 作为第一个参数，将 data.frame 的索引作为第二个参数和其他参数，因此稍微更改现有函数：

NagR2 <- function(datainput,ind,form){

  n <- nrow(datainput[ind,])
  reg <- glm(form,family = binomial("logit"), data = datainput[ind,])
  mo <- stepAIC(reg,direction = c("backward"), trace = FALSE)
  
  R2cox <-  1- exp((mo$deviance - mo$null.deviance)/n)
  R2nag <-  R2cox/(1-exp((-mo$null.deviance)/n))
  R2nag
  }

并应用于测试数据集：

library(MASS)
library(boot)

dat = iris
dat$Species=factor(ifelse(dat$Species=="versicolor","v","o"))

bo = boot(dat,statistic=NagR2,R=100,form = as.formula(Species ~ .))

ORDINARY NONPARAMETRIC BOOTSTRAP


Call:
boot(data = dat, statistic = NagR2, R = 100, form = as.formula(Species ~ 
    .))


Bootstrap Statistics :
     original     bias    std. error
t1* 0.3650395 0.01470299   0.0720022