[英]Bootstrapping in R. By Using Nagelkerke R-Squared
我是 R 新手。我嘗試在 R 中使用 boot() 函數,方法是使用 Nagelkerke R 平方作為statistics
參數。 我知道我需要一個函數來測量重采樣的原始 Nagelkerke R 平方。 但是,我不知道應該把什么作為統計函數。
我知道 Nagelkerke R-squared 可以通過使用給定 Logit 回歸的偏差和 Null.deviance 來計算。 我編寫了計算 Nagelkerke R 平方的函數。
NagR2 <- function(Objects){
n <- nrow(Objects)
reg <- glm(form,
family = binomial("logit"), data = datainput)
mo <- stepAIC(regression,direction = c("backward"), trace = FALSE)
R2cox <- 1- exp((mo$deviance - mo$null.deviance)/n)
R2nag <- R2cox/(1-exp((-mo$null.deviance)/n))
R2nag
}
我應該如何更改 NagR2 函數,以便可以在boot()
函數中將其用作統計信息?
您需要更改函數,將輸入 data.frame 作為第一個參數,將 data.frame 的索引作為第二個參數和其他參數,因此稍微更改現有函數:
NagR2 <- function(datainput,ind,form){
n <- nrow(datainput[ind,])
reg <- glm(form,family = binomial("logit"), data = datainput[ind,])
mo <- stepAIC(reg,direction = c("backward"), trace = FALSE)
R2cox <- 1- exp((mo$deviance - mo$null.deviance)/n)
R2nag <- R2cox/(1-exp((-mo$null.deviance)/n))
R2nag
}
並應用於測試數據集:
library(MASS)
library(boot)
dat = iris
dat$Species=factor(ifelse(dat$Species=="versicolor","v","o"))
bo = boot(dat,statistic=NagR2,R=100,form = as.formula(Species ~ .))
ORDINARY NONPARAMETRIC BOOTSTRAP
Call:
boot(data = dat, statistic = NagR2, R = 100, form = as.formula(Species ~
.))
Bootstrap Statistics :
original bias std. error
t1* 0.3650395 0.01470299 0.0720022
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