获取分段错误从rpy2导入robject时出现核心转储错误

Question

手动安装R和rpy2

安装成功但得到上述错误。 请帮帮我？

输出一些有用的命令：

>>> import rpy2
>>> rpy2.__path__
['/home/ashish/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.8.2-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2']
>>> import rpy2.robjects
cannot find system Renviron
/home/ashish/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.8.2-py2.7-linux- x86_64.egg/rpy2/rinterface/__init__.py:185: RRuntimeWarning: Fatal error: unable to open the base package


warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
Segmentation fault (core dumped)

提前致谢..

Answer 1

如果您通过conda安装rpy2，并且在同一台机器上安装了R系统（例如使用RStudio），则将使用系统的R安装。 由于此R版本与rpy2所需的版本不匹配，因此会发生分段错误。

1）删除R的任何现有系统安装（ 参见此处 ）。 确认您没有任何R安装：

$>which R
R not found

2）在.rc文件中定义R_HOME env变量：

export R_HOME=/Users/<your user>/anaconda3/envs/<env name>/lib/R

或者在python项目中动态：

import os
os.environ['R_HOME'] = '/Users/<your user>/anaconda3/envs/<env name>/lib/R'