Python NetworkX从关联矩阵创建图形

Question

我有一个关联矩阵（其中行是节点，列是边），如下所示（从文本文件读取到NumPy数组）：

[[1 1 1 1 1 1 1 1 1 1]
 [1 1 1 1 1 1 1 0 0 0]
 [1 1 1 1 1 0 1 1 0 0]
 [0 0 1 1 1 0 1 0 0 0]
 [1 1 1 1 1 1 0 0 0 0]
 [1 1 0 1 1 0 0 0 0 0]
 [1 0 1 0 0 1 0 1 0 0]
 [0 1 0 1 1 0 0 0 0 0]
 [1 1 1 0 0 1 0 0 0 0]
 [0 0 1 1 0 1 0 0 0 0]
 [1 0 1 0 0 1 0 0 0 0]
 [1 0 1 1 0 0 0 0 0 0]
 [1 0 0 0 0 0 1 1 0 0]
 [1 1 0 0 0 0 1 0 0 0]
 [0 1 0 0 0 1 0 0 0 0]
 [1 0 0 1 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 1 1 0 0 0 0 0 0]
 [1 1 0 0 0 0 0 0 0 0]
 [0 1 0 0 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 0 1 0 0 0 0 0 0]
 [1 0 0 0 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 0 1 0 0 0 0 0 0]
 [0 1 0 0 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 1 0 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 0 0 0 0 1 0 0 0]
 [0 1 0 0 0 0 0 0 0 0]]

我想从这个矩阵使用NetworkX创建一个图表，但是找不到如何做到这一点。 NetworkX from_numpy_matrix仅适用于邻接矩阵。 以下是如何使用NetworkX创建关联矩阵的一个很好的示例（但这不是我的情况，因为我已经开始使用关联矩阵）。 我也试过这个 ，但得到了令人讨厌的错误：

File "C:\Python27\lib\site-packages\networkx\convert.py", line 150, in to_networkx_graph
    "Input is not a correct numpy matrix or array.")
networkx.exception.NetworkXError: Input is not a correct numpy matrix or array.

看起来一个简单的问题，但也许不是。 任何人都可以帮助我吗？

提前致谢！

Answer 1

Networkx有一个方便的nx.from_numpy_matrix函数采用邻接矩阵，所以一旦我们将关联矩阵转换为邻接矩阵，我们就很好了。

假设我们从关联矩阵开始

im = np.array([[0, 1, 1], [0, 1, 1], [0, 0, 0]])

要将其转换为邻接矩阵，首先让我们看看哪些节点是连接的：

am = (np.dot(im, im.T) > 0).astype(int)

这里我们只是检查两个节点之间是否至少有一条边。

如果要删除自循环，可以调用

np.fill_diagonal(am, 0)

现在，让我们看看am ：

>>> am
array([[0, 1, 0],
       [1, 0, 0],
       [0, 0, 0]])

要创建图表，现在我们可以调用

networkx.from_numpy_matrix(am)