[英]f2py is not able to link with NetCDF library -
我正在尝试使用f2py在我的系统中安装一些与海洋模型有关的Python模块(在Fortran 90中)。 我在使用f2py时遇到了一些问题。 具体来说,即使我具有必需的库并安装了文件,f2py也无法链接到NetCDF库。 我在64位计算机上的Ubuntu16.04上将Python 2.7与Anaconda 2一起使用。 我正在使用gfortran。
为了测试它是否正常工作,我编写了一个小代码-一个f90模块,其中包含一个小子例程。 该子例程执行基本的数学任务,并调用NetCDF例程,该例程打印已安装的NetCDF版本。 模块(testsub.f90)如下:
module testsub
implicit none
contains
subroutine f_sum(a, b, s)
!#include 'netcdf.inc'
use netcdf
real(8) :: a, b, s
s = a+b;
!Calls a function that prints the netcdf version
write(*,*) trim(nf90_inq_libvers())
end subroutine f_sum
end module
testsub的makefile是:
#Fortran compiler
FC=gfortran
NCLIB = -L/home/sonaljit/anaconda2/lib -lnetcdf -lnetcdff -L/usr/lib/python2.7/config-x86_64-linux-gnu -lpython2.7
NCINC = -I/home/sonaljit/anaconda2/include
#f2py and flags
F2PY = /home/sonaljit/anaconda2/bin/f2py
PYFLAGS = "-fPIC -g -O2 -fdefault-real-8"
pytest : testsub.f90
$(F2PY) --fcompiler=$(FC) --f90flags=$(PYFLAGS) -c $(NCINC) -m testpymod testsub.f90 $(NCLIB)
clean :
rm testpymod.so
我有NetCDF库,并包含在给定路径中安装的文件。 当我使用make pytest
运行makefile时,出现以下错误:
/usr/bin/ld: /home/sonaljit/anaconda2/lib/libnetcdf.a(netcdf.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/home/sonaljit/anaconda2/lib/libnetcdf.a: error adding symbols: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status
但是,当我注释掉模块中的NetCDF行时,没有看到此错误。 似乎f2py无法链接到NetCDF例程。 这可能是什么错误? 是由于代码的结构吗? 或者,我需要包括其他图书馆吗?
您正在编译共享(动态)库,并且应该使用NetCDF的共享库版本。
如果您自己安装了NetCDF(如/home/sonaljit
的路径所建议),则应安装.so版本并与此版本链接。
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