f2py中的malloc错误

Question

我试图使用f2py在3维中运行一个简单的集成问题。

调用 fortran代码的python代码如下：

#!/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/Current/bin/python
import pymods as modules
import pygauleg as gauleg
import pyint as integrator
import pylab as pl
import sys
import math
import time

############################################
# main routine #############################
############################################
zero = 0.0
one = 1.0
pi = pl.pi

Nr = 10
Nt = 10
Np = 2*Nt
r0 = zero
rf = one
NNang = Nr*Nt*Np

print 'Nr Nt Np = ', Nr, Nt, Np
print 'NNang = ', NNang
print 'r0 rf = ', r0, rf

Nx = int(math.floor( (one*NNang)**(one/3.0) ))
Ny = int(math.floor( (one*NNang)**(one/3.0) ))
Nz = int(math.floor( (one*NNang)**(one/3.0) ))

Nx = int(pl.floor(float(Nx)*1.75))
Ny = int(pl.floor(float(Ny)*1.75))
Nz = int(pl.floor(float(Nz)*1.75))

NNxyz = Nx*Ny*Nz


print 'Nx Ny Nz = ', Nx, Ny, Nz
print 'NNxyz = ', NNxyz
xyz0 = -rf
xyzf = rf

t1 = time.time()
xt = pl.zeros(Nt)
wt = pl.zeros(Nt)
gauleg.gauleg(xt, wt, 0.0, pl.pi, Nt)
print 'outside of gauleg'

虽然fortran子程序有点冗长，但它的重要部分才是开始......

  2 subroutine gauleg(x,w,x1,x2,n)
  3 !Input:   x1,x2,n
  4 !Output:  x,w
  5 !implicit none
  6 !integer, parameter :: ikind = selected_int_kind(25)
  7 !integer, parameter :: rkind = selected_real_kind(15, 307)
  8 !
  9 !real(kind = rkind), parameter :: pi = 3.14159265358979323846d00
 10 !real(kind = rkind), parameter :: one = 1.0d00
 11 !real(kind = rkind), parameter :: zero = 0.0d00
 12 use mod_gvars
 13 
 14 real(kind = rkind) :: tol = 1d-15
 15 
 17 integer :: n
 18 !!!!!f2py intent(in) n
 19 real(kind = rkind), dimension(n) :: x
 20 real(kind = rkind), dimension(n) :: w
 22 real :: x1, x2
 23 
 24 real(kind = rkind) :: z1, z, xm, xl, pp, p3, p2, p1;
 25 
 26 integer(kind = ikind) :: m
 27 integer(kind = ikind) :: i,j
 28 integer(kind = ikind) :: countmax, counter, max_counter, min_counter
 29 
 30 integer(kind = ikind) :: tenth, hundredth, thousandth
 31 
 32 print*, 'n = ', n

结束......

 98 
 99 print*, 'returning'
100 
101 end subroutine

子程序顶部的注释（第5-11行）是fortran模块mod_gvars存在的结构。 似乎一切都按照计划进行* 直到 *这个子程序返回。 这是输出：

Nr Nt Np =  10 10 20
NNang =  2000
r0 rf =  0.0 1.0
Nx Ny Nz =  21 21 21
NNxyz =  1728
 n =           10
 m =  5
 returning
python(14167) malloc: *** error for object 0x1081f77a8: incorrect checksum for freed object - object was probably modified after being freed.
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug
Abort trap

看起来子程序只有在返回时才会遇到问题。 为什么会这样？

Answer 1

这种问题通常发生在Python中的引用计数错误中，例如，如果f2py中存在错误，或者如果您在Fortran中覆盖的内存多于在numpy数组中分配的内存，则可能会发生此错误。 所有这些错误仅在Fortran子例程退出后显示，在随机点，通常是在Python中释放一些内存时。

要调试这个，尝试打印你进入Fortran的所有数组，也就是打印数组x，w，以确保你可以访问那里的所有内存（测试f2py使用相同的类型等等） 。

确保在Fortran中使用边界检查（至少-fbounds-check in gfortran，最好只检查-fcheck=all以检查所有问题）。

您也可以在调试器或valgrind下运行它，它可能会告诉您问题所在。

最后，我个人更喜欢使用Cython直接包装Fortran。 然后我可以轻松访问所有生成的文件，并使用iso_c_binding Fortran模块，以便Fortran编译器检查所​​有类型在Fortran和C（Python）之间是否兼容，请参见此处的示例。