如何在R中将函数应用于Spearman秩相关系数？

Question

我想编写一个代码，以应用功能计算数据集中列组合之间的Spearman等级相关性。 我有以下数据集：

library(openxlsx)
data <-read.xlsx("e:/LINGUISTICS/mydata.xlsx", 1);

A    B    C    D
go   see  get  eat
see  get  eat  go
get  go   go   get
eat  eat  see  see

函数cor（rank（x），rank（y），method =“ spearman”）仅测量两列之间的相关性，例如A和B之间的相关性：

cor(rank(data$A), rank(data$B), method = "spearman")

但是我需要计算所有可能的列组合（AB，AC，AD，BC，BD，CD）之间的相关性。 我为此编写了以下函数：

wert <- function(x, y) { cor(rank(x), rank(y), method = "spearman") }

我不知道如何在我的函数中实现列的所有可能组合（AB，AC，AD，BC，BD，CD）以便自动获取所有结果，因为我的真实数据具有更多的列，并且也作为矩阵具有相关分数，例如，如下表：

    A     B     C     D
A   1     0.3   0.4   0.8
B   0.3   1     0.6   0.5
C   0.4   0.6   1     0.1
D   0.8   0.5   0.1   1

有人可以帮我吗？

Answer 1

您不需要rank 。 cor已经使用method = "spearman"计算了Spearman等级相关性。 如果要在data.frame的所有列之间建立关联，只需将data.frame传递给cor ，即cor(data, method = "spearman") 。 您应该学习help("cor") 。

如果要手动执行此操作，请使用combn功能。

PS：您面临的另一个挑战是您实际上具有因子变量。 无序因子的等级是一个奇怪的概念，但是R在这里仅使用排序规则。 由于cor正确地期望数字输入，因此您应该首先执行data[] <- lapply(data, as.integer) 。

Answer 2

我认为您可以制作一个函数（pairedcolumns），然后将您的函数（spearman）应用于您提供数据的数据框中的每一对列。

#This function works on a data frame (x) usingwhichever other function (fun) you select by making all pairs of columns possible.
pairedcolumns <- function(x,fun) 
{
  n <- ncol(x)##find out how many columns are in the data frame

  foo <- matrix(0,n,n)
  for ( i in 1:n)
  {
    for (j in 1:n)
    {
      foo[i,j] <- fun(x[,i],x[,j])
}
}
 colnames(foo)<-rownames(foo)<-colnames(x)
return(foo)
}

 results<-pairedcolumns(yourdataframe[,2:8], function)