R：TUKEY遵循单因素方差分析

Question

我在R中进行了单向ANOVA，但是当我尝试进行Tukey事后检查以确定哪些治疗方法彼此不同时，我不断收到错误消息。 （我希望对结果进行排名（a，ab，b，bcd ......等）

资料详情：

data =“abh2”

x = 6次治疗：“治疗”

y =水分读数“潮湿”（每次治疗n = 63，总数= 378）

我运行了单因子方差分析：

anov <- anova(lm(moist~treatment, data=abh2))

。＃结果表明我可以转到事后（p <0.05）：

Analysis of Variance Table

Response: moist
           Df Sum Sq Mean Sq F value    Pr(>F)    
treatment   5 1706.3  341.27  25.911 < 2.2e-16 ***

我选择了Tukey HSD并尝试使用2种方法运行它，但是获取两者的错误消息：

内置R功能：

TukeyHSD(anov)
# ERROR : no applicable method for 'TukeyHSD' applied to an object of class "c('anova', 'data.frame')"

Agricolae套餐：

    HSD.test(anov, "treatment", group=TRUE, console=TRUE)
    # ERROR : Error in HSD.test(anov, "treatment", group = TRUE, console = TRUE) :
argument "MSerror" is missing, with no default

我发现了MSerror

1）“＃旧版本HSD.test（）”（但我刚刚更新了agricolae包）

2）MSerror <-deviance（model）/ df

所以我尝试过：

HSD.test(anov, "treatment", MSerror=deviance(moist)/5, group=TRUE, console=TRUE)
 *but still* # ERROR: $ operator is invalid for atomic vectors

谁能帮助我从这里开始？ 这似乎是一个非常简单的问题，但我花了好几个小时！

非常感谢 ：）

Answer 1

尝试使用以下代码将治疗指定为一个因素：

abh2$treatment <- factor(abh2$treatment)

Answer 2

感谢安妮 - 克劳德的反馈，它让我走上了正确的道路，R没有认识到它应该的数据。

我解决了使用此代码的问题：

library(agricolae)

model<-aov(moist~treatment, data=abh2)

out <- HSD.test(model,"treatment", group=TRUE,console=TRUE)

似乎我最初使用的ANOVA命令（来自R base包），之后我试图执行的Tukey测试（使用agricolae包）根本无法理解。

给我带回家的消息：尝试在同一个包中进行相关的分析！

ps获取p值：

summary(model)

它们可以转换为数据帧，如下所示：

as.data.frame（summary（model）[[1]]）