R：TUKEY遵循單因素方差分析

Question

我在R中進行了單向ANOVA，但是當我嘗試進行Tukey事后檢查以確定哪些治療方法彼此不同時，我不斷收到錯誤消息。 （我希望對結果進行排名（a，ab，b，bcd ......等）

資料詳情：

data =“abh2”

x = 6次治療：“治療”

y =水分讀數“潮濕”（每次治療n = 63，總數= 378）

我運行了單因子方差分析：

anov <- anova(lm(moist~treatment, data=abh2))

。＃結果表明我可以轉到事后（p <0.05）：

Analysis of Variance Table

Response: moist
           Df Sum Sq Mean Sq F value    Pr(>F)    
treatment   5 1706.3  341.27  25.911 < 2.2e-16 ***

我選擇了Tukey HSD並嘗試使用2種方法運行它，但是獲取兩者的錯誤消息：

內置R功能：

TukeyHSD(anov)
# ERROR : no applicable method for 'TukeyHSD' applied to an object of class "c('anova', 'data.frame')"

Agricolae套餐：

    HSD.test(anov, "treatment", group=TRUE, console=TRUE)
    # ERROR : Error in HSD.test(anov, "treatment", group = TRUE, console = TRUE) :
argument "MSerror" is missing, with no default

我發現了MSerror

1）“＃舊版本HSD.test（）”（但我剛剛更新了agricolae包）

2）MSerror <-deviance（model）/ df

所以我嘗試過：

HSD.test(anov, "treatment", MSerror=deviance(moist)/5, group=TRUE, console=TRUE)
 *but still* # ERROR: $ operator is invalid for atomic vectors

誰能幫助我從這里開始？ 這似乎是一個非常簡單的問題，但我花了好幾個小時！

非常感謝 ：）

Answer 1

嘗試使用以下代碼將治療指定為一個因素：

abh2$treatment <- factor(abh2$treatment)

Answer 2

感謝安妮 - 克勞德的反饋，它讓我走上了正確的道路，R沒有認識到它應該的數據。

我解決了使用此代碼的問題：

library(agricolae)

model<-aov(moist~treatment, data=abh2)

out <- HSD.test(model,"treatment", group=TRUE,console=TRUE)

似乎我最初使用的ANOVA命令（來自R base包），之后我試圖執行的Tukey測試（使用agricolae包）根本無法理解。

給我帶回家的消息：嘗試在同一個包中進行相關的分析！

ps獲取p值：

summary(model)

它們可以轉換為數據幀，如下所示：

as.data.frame（summary（model）[[1]]）