fit_transform中的错误：输入包含NaN，无穷大或对于dtype（'float64'）而言太大的值

Question

我有一个形状为（14407，2564）的数据框。 我正在尝试使用VarianceThreshold函数删除低方差特征。 但是，当我调用fit_transform时，出现以下错误：

ValueError：输入包含NaN，无穷大或dtype（'float64'）太大的值。

在使用Uign VarianceThreshold之前，我使用以下代码替换了df中所有缺少的值：

    df.replace('null',np.NaN, inplace=True)
    df.replace(r'^\s*$', np.NaN, regex=True, inplace=True)
    df.fillna(value=df.median(), inplace=True)

之后，我使用以下方法检查了数据框是否有任何空/无限值：

    m = df.isnull().any()
    print "========= COLUMNS WITH NULL VALUES ================="
    print m[m]
    print "========= COLUMNS WITH INFINITE VALUES ================="
    m = np.isfinite(df.select_dtypes(include=['float64'])).any()
    print m[m]

并且我得到一个空的Series作为输出，这意味着我所有的列都没有缺失值。 输出为：

    ========= COLUMNS WITH NULL VALUES =================
    Series([], dtype: bool)
    ========= COLUMNS WITH INFINITE VALUES =================
    Series([], dtype: bool)

完整的错误跟踪：

    Traceback (most recent call last):
      File "/home/users/MyUsername/MyProject/src/main/python/Main.py", line 222, in <module>
        main()
      File "/home/users/MyUsername/MyProject/src/main/python/Main.py", line 218, in         main
        getAllData()
      File "/home/users/MyUsername/MyProject/src/main/python/Main.py", line 95, in getAllData
        predictors, labels, dropped_features = fselector.process(variance=True, corr=True, bestf=True, bestfk=200)
      File         "/home/users/MyUsername/MyProject/src/main/python/classes/featureselector.py", line 54, in process
        self.getVariance(threshold=(.95 * (1 - .95)))
      File "/home/users/MyUsername/MyProject/src/main/python/classes/featureselector.py", line 136, in getVariance
        self.removeLowVarianceColumns(df=self.X, thresh=threshold)
      File "/home/users/MyUsername/MyProject/src/main/python/classes/featureselector.py", line 213, in removeLowVarianceColumns
        selector.fit_transform(df)
      File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/sklearn/base.py", line 494, in fit_transform
        return self.fit(X, **fit_params).transform(X)
      File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/sklearn/feature_selection/variance_threshold.py", line 64, in fit
        X = check_array(X, ('csr', 'csc'), dtype=np.float64)
    File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/sklearn/utils/validation.py", line 407, in check_array
        _assert_all_finite(array)
    File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/sklearn/utils/validation.py", line 58, in _assert_all_finite
    " or a value too large for %r." % X.dtype)
    ValueError: Input contains NaN, infinity or a value too large for dtype('float64').

因此，我不确定要检查什么，这似乎不是缺少值的问题，但是我也无法获取导致问题的列/值。

我在这里看到几个线程都以缺少值结尾，但这似乎不是问题所在。

Answer 1

我通过将数据转换为数字来解决此问题。 看起来，尽管错误消息显示为“ float64”，但我的数据仅是所有对象，而对象与fit_transform不能很好地配合使用。

使用df = df.apply(lambda x: pd.to_numeric(x,errors='ignore'))将我的数据更改为浮动。