deconstructSigs错误

Question

我正在使用deconstructSigs软件包，当我尝试将突变列表转换为正确的输入格式时，出现此错误：

.local（x，...）中的错误：仅当缺少“名称”，字符向量/因数，字符-Rle或因数-时，才能指定“开始”，“结束”和“宽度” RLE

这是我的代码：

library(deconstructSigs)
sigs.input <- mut.to.sigs.input(mut.ref = data, 
                                sample.id = "Gene_Symbol", 
                                chr = "Chromosome", 
                                pos = "Position", 
                                ref = "Reference_Base", 
                                alt = "Alternate_Base")

有人知道如何处理吗？ 提前致谢。

Answer 1

不知道这是否可以解决您的问题，但是在读取“ tibble”格式的数据帧时遇到了同样的问题。 对我来说，以下解决了问题：

library(deconstructSigs)
sigs.input <- mut.to.sigs.input(mut.ref = data %>% as.data.frame(), 
                                sample.id = "Gene_Symbol", 
                                chr = "Chromosome", 
                                pos = "Position", 
                                ref = "Reference_Base", 
                                alt = "Alternate_Base")