deconstructSigs錯誤

Question

我正在使用deconstructSigs軟件包，當我嘗試將突變列表轉換為正確的輸入格式時，出現此錯誤：

.local（x，...）中的錯誤：僅當缺少“名稱”，字符向量/因數，字符-Rle或因數-時，才能指定“開始”，“結束”和“寬度” RLE

這是我的代碼：

library(deconstructSigs)
sigs.input <- mut.to.sigs.input(mut.ref = data, 
                                sample.id = "Gene_Symbol", 
                                chr = "Chromosome", 
                                pos = "Position", 
                                ref = "Reference_Base", 
                                alt = "Alternate_Base")

有人知道如何處理嗎？ 提前致謝。

Answer 1

不知道這是否可以解決您的問題，但是在讀取“ tibble”格式的數據幀時遇到了同樣的問題。 對我來說，以下解決了問題：

library(deconstructSigs)
sigs.input <- mut.to.sigs.input(mut.ref = data %>% as.data.frame(), 
                                sample.id = "Gene_Symbol", 
                                chr = "Chromosome", 
                                pos = "Position", 
                                ref = "Reference_Base", 
                                alt = "Alternate_Base")