如何从coxme包中的lmekin对象中提取p值

Question

我希望能够查看coxme包生成的lmekin对象的p值。

例如。

model= lmekin(formula = height ~ score + sex + age + (1 | IID), data = phenotype_df, varlist = kinship_matrix)

我试过了：

summary(model)
coef(summary(model))
summary(model$coefficient$fixed)
fixef(model)/ sqrt(diag(vcov(model)) #(Calculates Z-scores but not p-values)

但这些都行不通。 那么如何查看此线性混合模型的p值？

Answer 1

我花了很长时间来寻找这个问题，但是我注意到很多其他类似的问题没有正确答案，所以我想回答这个问题。

你用：

library(coxme)
print(model)

• 请注意，事先加载coxme包很重要，否则它将无法正常工作。

我还注意到很多关于如何从lmekin对象中提取p值，或者如何从coxme对象中提取p值的帖子。 我写了这个函数，它基于coxme:::print.coxme函数代码（直接查看代码类型coxme:::print.coxme到R）。 print计算p值 - 此函数允许提取p值并将其保存到对象。

请注意， mod是您的模型，例如。 mod <- lmekin(y~x+a+b)使用print(mod)来仔细检查表是否匹配。

extract_coxme_table <- function (mod){
    beta <- mod$coefficients$fixed
    nvar <- length(beta)
    nfrail <- nrow(mod$var) - nvar
    se <- sqrt(diag(mod$var)[nfrail + 1:nvar])
    z<- round(beta/se, 2)
    p<- signif(1 - pchisq((beta/se)^2, 1), 2)
    table=data.frame(cbind(beta,se,z,p))
    return(table)
}

Answer 2

我到达这个主题是因为我正在为coxme对象寻找相同的东西。 IcedCoffee的功能可以进行微调：

    extract_coxme_table <- function (mod){
        beta <- mod$coefficients #$fixed is not needed
        nvar <- length(beta)
        nfrail <- nrow(mod$var) - nvar
        se <- sqrt(diag(mod$var)[nfrail + 1:nvar])
        z<- round(beta/se, 2)
        p<- signif(1 - pchisq((beta/se)^2, 1), 2)
        table=data.frame(cbind(beta,se,z,p))
        return(table)
    }