如何提取/查看多帧DICOM文件的所有帧？

Question

我知道我可以使用以下代码查看dicom文件：

import dicom
from dicom.contrib.pydicom_PIL import show_PIL

f = "CT-MONO2-8-abdo.dcm"
ds = dicom.read_file(f, force=True)
show_PIL(ds)

但是，如何从多帧DICOM文件中提取和查看所有帧？ 我尝试使用上面的代码，但得到以下错误：

File "/home/auser/.local/lib/python3.5/site-packages/dicom/dataset.py", line 399, in _get_pixel_array
  raise NotImplementedError("Pixel Data is compressed in a format pydicom does not yet handle. Cannot return array")
NotImplementedError: Pixel Data is compressed in a format pydicom does not yet handle. Cannot return array

我尝试过一些位于http://www.barre.nom.fr/medical/samples/的多帧文件。 像素大小等可用于这些文件。

如何提取和/或查看多帧DICOM文件的不同帧？

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编辑：使用gdcm的以下命令在Linux上工作以将这些转换为未压缩的文件：

$ gdcmconv --raw compressed.dcm uncompressed.dcm

（我在提取后使用了http://www.barre.nom.fr/medical/samples/files/US-PAL-8-10x-echo.gz文件）。

然后由上面的python代码读取，但只显示第一帧。 如何提取和查看其他框架？

Answer 1

pydicom支持读取像素数据。 请参阅此文档。

pydicom在解释DICOM数据时倾向于“懒惰”。 例如，默认情况下它不会对像素数据执行任何操作，除非在原始字节中读取：

 import dicom ds=dicom.read_file("MR_small.dcm") ds.PixelData '\\x89\\x03\\xfb\\x03\\xcb\\x04\\xeb\\x04\\xf9\\x02\\x94\\x01\\x7f ... ... 

关于pixel_array

Dataset的一个名为pixel_array的属性为未压缩的图像提供了更有用的像素数据。 必须在系统上安装NumPy数字包才能使用此属性，因为pixel_array返回NumPy数组：

 import dicom ds=dicom.read_file("MR_small.dcm") ds.pixel_array array([[ 905, 1019, 1227, ..., 302, 304, 328], [ 628, 770, 907, ..., 298, 331, 355], [ 498, 566, 706, ..., 280, 285, 320], ..., [ 334, 400, 431, ..., 1094, 1068, 1083], [ 339, 377, 413, ..., 1318, 1346, 1336], [ 378, 374, 422, ..., 1369, 1129, 862]], dtype=int16) ds.pixel_array.shape (64, 64) 

文档还解释了如何在http://pydicom.readthedocs.io/en/stable/viewing_images.html查看图像。

正如错误消息（以及评论中的@kritzel_sw）中所解释的那样，pydicom还不支持源图像的传输语法。 在尝试提取帧之前，使用其他工具更改传输语法。

Rony的另一个有用的博客http://dicomiseasy.blogspot.in/2012/08/chapter-12-pixel-data.html

另请查看此 Stack Overflow问题; 它是关于旧版本，但可能会有所帮助。