如何为节点创建边缘？

Question

需要在输入文件中找到每种蛋白质的程度，如下所示

A   B
a   b
c   d
a   c
c   b

我已经使用networkx来获取节点。 如何在创建的节点上使用输入文件创建边缘？

码：

import pandas as pd
df = pd.read_csv('protein.txt',sep='\t', index_col =0)
df = df.reset_index()
df.columns = ['a', 'b']

distinct = pd.concat([df['a'], df['b']]).unique()

import networkx as nx
G=nx.Graph()

nodes= []
for i in distinct:
    node=G.add_node(1)
    nodes.append(node)

Answer 1

从networkx 文档中 ，在循环中使用add_edge或先收集边，然后使用add_edges_from ：

>>> G = nx.Graph()   # or DiGraph, MultiGraph, MultiDiGraph, etc
>>> e = (1,2)
>>> G.add_edge(1, 2)           # explicit two-node form
>>> G.add_edge(*e)             # single edge as tuple of two nodes
>>> G.add_edges_from( [(1,2)] ) # add edges from iterable container

然后G.degree()为您提供节点的度数。

Answer 2

最初，错误地使用了函数read_csv来读取输入文件。 列用空格而不是制表符分隔，因此sep应该是'\\s+'而不是'\\t' 。 另外，输入文件中没有索引列，因此不应将参数index_col设置为0 。

将输入文件正确读取到DataFrame ，我们可以使用from_pandas_edgelist函数将其转换为networkx图。

import networkx as nx
import pandas as pd

df = pd.read_csv('protein.txt', sep='\s+')
g = nx.from_pandas_edgelist(df, 'A', 'B')