有没有一种简单的方法可以使用 Windows 10 在 R Markdown 上运行 bash 脚本？

Question

过去几个月我一直在学习 R Markdown。 让 Anaconda Python 在 R Markdown 脚本中运行相当容易，但我还没有找到一种方法来在同一文档中运行大量 bash 代码。

使用

```{bash}
echo hello world
```

我收到错误消息

/bin/bash: C:\\Users\\MyName\\AppData\\Local\\Temp\\Rtmp0MpNfS\\chunk-code-4cbc213a3545.txt: 没有那个文件或目录

你们中的任何人都知道这个问题的根源是什么？

Answer 1

我知道可能为时已晚，但我遇到了同样的问题，我找到了解决方案。

首先，在 Windows 8.1 中，或者如果您没有适用于 Linux 的 Windows 子系统（WSL），您可以安装Cygwin ： https : //cygwin.com/ > 安装 Cygwin

• 这是R Markdown: The Definitive Guide ( https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/ ) > 2.7 其他语言引擎 > 2.7.2 Shell 脚本中指出的建议

其次，将 Cygwin 添加到 PATH。 通常 Cygwin 安装在C:\\cygwin64并且包含的​​路径在这种情况下将是C:\\cygwin64\\bin

第三，使用 R 中的base::Sys.which("bash")检查一切是否正确

• 如果一切正常，它会出现类似"C:\\\\cygwin64\\\\bin\\\\bash.exe"

第四，您可以在 Rmarkdown 文档中运行，您指出的块要仔细检查：

```{bash}
echo hello world
```