设置.libPaths（）以使用Rscript.exe从命令行运行R脚本

Question

我试图通过Windows命令提示符上的BAT文件运行R脚本。

脚本需要一些R包，例如data.table ， tidyR等。

出于操作原因，所有必需的R软件包和依赖项（包括data.table ）都安装在C:\\Users\\username\\Documents\\R\\R-3.5.1\\library 。 我不允许在此环境中安装RStudio。

当我尝试"C:\\Program Files\\R\\R-3.5.1\\bin\\x64\\Rscript.exe" script.R ，出现类似的错误

库（data.table）中的错误：没有名为“ data.table”的程序包中止执行

如何通过命令提示符设置.libPaths指向软件包的正确位置（即C:\\Users\\username\\Documents\\R\\R-3.5.1\\library ）？

先感谢您。

Answer 1

免责声明：我不熟悉R

从R：搜索路径 ：

库搜索路径在启动时从环境变量R_LIBS（应该是R库树所在的目录的冒号分隔的目录列表）中初始化，然后在环境变量R_LIBS_USER中进行初始化。 仅包含当时存在的目录。

默认情况下，未设置R_LIBS，并且R_LIBS_USER设置为R xyz的主目录的目录'R / R.version $ platform-library / x.y（对于CRAN macOS构建为'Library / R / xy / library'）

可以使用set VARIABLE_NAME=YOUR_VALUE批处理命令来创建环境变量 。

因此，您的批处理文件可能应该是这样的：

cd /d "C:\INSERT_PATH_TO_DIRECTORY_CONTAINING_script.R"
set "R_LIBS=C:\Users\username\Documents\R\R-3.5.1\library"
"C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin\x64\Rscript.exe" script.R

但是出于可移植性的原因（假设某位同事要求您提供脚本副本或计算机死机），我建议将脚本，R库和批处理文件放在一个目录中，例如C:\\Users\\username\\Documents\\R 批处理文件C:\\Users\\username\\Documents\\R\\script.bat变为：

cd /d "%~dp0"
set "R_LIBS=%~dp0R-3.5.1\library"
"%PROGRAMFILES%\R\R-3.5.1\bin\x64\Rscript.exe" "%~dpn0.R"

%PROGRAMFILES%环境变量扩展到program files夹的完整路径， %~dp0 参数扩展到保存批处理文件的目录的完整路径， %~dpn0是不带扩展名的批处理文件完整路径。

注意， %~dp0R-3.5.1不是一个错字，因为%~dp0包含尾部反斜杠。

这样，您可以将C:\\Users\\username\\Documents\\R复制到D:\\Users\\SOMEOTHERNAME\\Documents\\R ，脚本仍将运行。

如果您创建脚本的另一个版本，只需复制批处理文件，使其具有与脚本相同的文件名，但扩展名为.bat而不是.R ，并且应调用新脚本-在调试和分发时，这非常方便脚本。

另外，如果您想单独安装库，则可能要使用%HOMEDRIVE%%HOMEPATH% ，它会扩展为C:\\Users\\username 。

可以提取正确的Documents文件夹路径以及R安装路径，但需要读取注册表，因此更加复杂。