如何使用多个子目录中的系列的灰度图像创建4维ndarray

Question

在目录（A）中，存在4个子目录（a，b，c，d），每个子目录包含5个灰度MRI图像。 我可以通过以下代码在子目录（a）中创建3维ndarray。

path = "./A/a"
list = []
for root, dirs, files in os.walk(path):  
    for name in files:  
        list.append(os.path.join(root, name))  
list.sort() 
refds = pydicom.dcmread(list[0])
constpixeldims = (int(refds.Rows), int(refds.Columns), len(list))  
arraydicom = numpy.zeros(constpixeldims,dtype=refds.pixel_array.dtype)
for namedcm in list:
    ds = pydicom.dcmread(namedcm)  
    arraydicom[:,:,list.index(namedcm)] = ds.pixel_array

但是，我想创建一个包含所有4个子目录的4个维数ndarray。 通过4维ndarray，我想对MRI图像进行神经网络分析。

[另一个问题]通过以下代码，我可以创建一个3维数组。

for namedcm in dcmlist[0]:
ds = pydicom.dcmread(namedcm)  
arraydcm[:,:,dcmlist[0].index(namedcm)] = ds.pixel_array  

是否可以通过将dcmlist的数字从0更改为3来创建4维数组？

Answer 1

您可以执行以下操作：

import glob
import cv2
import numpy as np
import os


DIR = './A'

images = []
for sub_dir in os.listdir(DIR):
     print(sub_dir)
     images.append([cv2.imread(img) for img in glob.glob(DIR+os.sep+sub_dir+os.sep+'*')])


print(np.array(images).shape)   

您将获得以下形状（如果所有图像均为160x160）：（4,5,160,160）。

如果出于某种原因想要形状（4,160,160,5），可以使用numpy.rollaxis ：

images = np.rollaxis(np.array(images),1,4)
#images.shape -> (4,160,160,5)