如何在 R 的系统命令中运行“conda ***”

Question

我想在 conda 环境中运行系统命令，但我不知道如何让 R 将命令发送到正确初始化的 bash Z2591C98B70119FE62481Z. 我尝试了system('conda activate myenv && mycommand') ，但我收到有关需要运行conda init bash的警告。 尝试system('conda init bash && conda activate myenv')会引发相同的错误。 使bash第一个命令冻结 RStudio，例如system('bash &&.... )`。

有什么方法可以在 R 中发送系统命令，在获取 my.bashrc 文件之后运行？

Answer 1

我认为您可以在运行conda init之后使用system('source ~/.bashrc && conda activate myenv && mycommand')并且您的.bashrc文件包含一个由以下分隔的代码块：

# >>> conda initialize >>>
...
# <<< conda initialize <<<