脚本在 Jupyter notebook 中工作，在命令行或 Atom IDE 中失败

Question

我通过 Anaconda 安装了 python，并且想将一个相当大的数据帧序列化到一个磁盘文件。 这在 Jupyter 笔记本上运行良好，但从 Atom IDE 或命令提示符（即 python script_name.py）运行时失败

import pandas as pd
df = pd.DataFrame({'A': [1, 2, 3], 'B': [4, 5, 6]}, index=['a', 'b', 'c'])
df.to_hdf('data.h5', key='df', mode='w')
pd.read_hdf('data.h5')

这是错误：

 line 3, in <module>
    df.to_hdf('data.h5', key='df', mode='w')
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\pandas\core\generic.py", line 2530, in to_hdf
    pytables.to_hdf(path_or_buf, key, self, **kwargs)
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\pandas\io\pytables.py", line 276, in to_hdf
    path_or_buf, mode=mode, complevel=complevel, complib=complib
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\pandas\io\pytables.py", line 484, in __init__
    tables = import_optional_dependency("tables")
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\pandas\compat\_optional.py", line 93, in import_optional_dependency
    raise ImportError(message.format(name=name, extra=extra)) from None
ImportError: Missing optional dependency 'tables'.  Use pip or conda to install tables.

我将 hdf5.dll 路径添加到环境变量列表中，但没有运气。 pip 和 conda 都告诉我我有一个 hdf5 和表的版本，所以我不明白这段代码如何在 Jupyter notebook 中运行，但在 notebook 之外运行。 顺便说一句，我在 matplotlib 和其他一些包中遇到了类似的问题，这些包在 Jupyter 笔记本上运行时没有错误，但是找不到包，从命令行运行时 dll 丢失错误。 有人可以帮忙吗？ 谢谢！

我的路径看起来像：

c:\users\UserID\appdata\roaming\python\python37\site-packages;
C:\ProgramData\Anaconda3\pkgs\m2w64-openssl-1.0.2.g-2\Library\mingw-w64\bin;
C:\ProgramData\Anaconda3\pkgs\pytables-3.6.1-py37h1da0976_0\Lib\site-packages\tables\;
C:\ProgramData\Anaconda3\Lib\site-packages\tables;
C:\ProgramData\Anaconda3;C:\ProgramData\Anaconda3\Scripts;
C:\ProgramData\Anaconda3\Library\usr\bin;
C:\Users\UserID\AppData\Local\atom;
C:\ProgramData\Anaconda3\Library\mingw-w64\bin;
C:\Program Files (x86)\ActiveState Komodo Edit 11\;
C:\ProgramData\Anaconda3\envs\pudl;
C:\Users\UserID\AppData\Roaming\Python\Python37\Scripts;
C:\WINDOWS\system32;
C:\WINDOWS;
C:\WINDOWS\System32\Wbem;
......
C:\Users\UserID\AppData\Local\atom\bin

操作系统：Win 10 Python 版本：3.7

Answer 1

您可能需要激活 Jupyter 内核所在的环境，因为这将代表您引入必要的依赖项。

假设您已经使用conda create -n my_conda_env创建了一个环境，您还必须使用conda activate -n my_conda_env来激活它，那么您的 cmd 提示符将以环境名称为前缀。

如果您不在环境中运行 - 我真的推荐它 - 因为它可以避免一些依赖性问题。