Python序列比较

Question

我正在尝试比较两个序列：

>>> seq_a = "tgaaactcaagccttaccgcagagacagaagaaacagcaaactgtgactcttcttcctgctgcagatttggatgatttctccaaacaattgcaacaatccatgagcagtgctgactcaactcaggcctaaactcatgcagaccacacaaggcagatgggctatataaacgttttcgcttttccgtttacgatatatagtctactcttgtgcagaatgaattctcgtaactacatagcacaagtagatgtagttaactttaatctcacatagcaatctttaatcagtgtgtaacattagggaggacttgaaagagccaccacattttcaccgaggccacgcggagtacgatcgagtgtacagtgaacaatgctagggagagctgcctatatggaagagccctaatgtgtaaaattaattttagtagtgctatccccatgtgattttaatagcttcttaggagaatgacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa"
>>> seq_b = "agagcctaaaaaggacaaaaagaagaaggctgatgaaactcaagccttaccgcagagacagaagaaacagcaaactgtgactcttcttcctgctgcagatttggatgatttctccaaacaattgcaacaatccatgagcagtgctgactcaactcaggcctaaactcatgcagaccacacaaggcagatgggctatataaacgttttcgcttttccgtttacgatatatagtctactcttgtgcagaatgaattctcgtaactacatagcacaagtagatgtagttaactttaatctcacatagcaatctttaatcagtgtgtaacattagggaggacttgaaagagccaccacattttcaccgaggccacgcggagtacgatcgagtgtacagtgaacaatgctagggagagctgcctatatggaagagccctaatgtgtaaaattaattttagtagtgctatccccatgtgattttaatagcttcttaggagaatgac"

但我正在使用的代码卡在最后的 sequence_comparison 上。 这段代码是在网上找到的，我很难找到它的问题。 提供的语法错误突出显示了最后一段代码开头的 s：

def sequence_compare(seq_a, seq_b):
    len1 = len(seq_a)
    len2 = len(seq_b)
    mismatches = []
    for pos in range (0,min(len1,len2)):
        if seq_a[pos] != seq_b[pos]:
            mismatches.append('|')
        else:
            mismatches.append(' ')
    print(seq_a)
    print(mismatches)
    print(seq_b)
sequence_compare(seq_a,seq_b)

谁能帮我找到这个问题？

Answer 1

看起来问题是mismatches显示为列表，而不是字符串。 我已将其转换为字符串：

更新代码

def sequence_compare(seq_a, seq_b):
    len1 = len(seq_a)
    len2 = len(seq_b)
    mismatches = ""
    for pos in range (0,min(len1,len2)):
        if seq_a[pos] != seq_b[pos]:
            mismatches += '|'
        else:
            mismatches += ' '
    print(seq_a)
    print(mismatches)
    print(seq_b)

seq_a = "tgaaactcaagccttaccgcagagacagaagaaacagcaaactgtgactcttcttcctgctgcagatttggatgatt"
seq_b = "agagcctaaaaaggacaaaaagaagaaggctgatgaaactcaagccttaccgcagagacagaagaaacagcaaactg"

sequence_compare(seq_a,seq_b)

Output

tgaaactcaagccttaccgcagagacagaagaaacagcaaactgtgactcttcttcctgctgcagatttggatgatt
|  ||  |  ||||||||||   |||  |||| || ||||||| ||||| || |||||||||||| ||| | ||| |
agagcctaaaaaggacaaaaagaagaaggctgatgaaactcaagccttaccgcagagacagaagaaacagcaaactg

Answer 2

在 python 中必须添加缩进，如果您不在某个位置添加缩进，您的代码将无法工作； 这里在声明function之后，需要在声明function之后添加一个缩进。

def sequence_compare(seq_a, seq_b):
    len1 = len(seq_a)
    len2 = len(seq_b)
    mismatches = []
    for pos in range (0,min(len1,len2)):
        if seq_a[pos] != seq_b[pos]:
            mismatches.append('|')
        else:
            mismatches.append(' ')
    print(seq_a)
    print(mismatches)
    print(seq_b)

这段代码应该可以工作，因为我在需要的地方添加了缩进。