R：在 macOS 10.15 上升级到 R 4.0 后，无法从源安装 R 包

Question

我刚刚升级到 R 4.0 并尝试重新安装一些软件包。 但是，我现在似乎无法从源代码安装。

例如，当运行install.packages("rlang")并在询问Do you want to install from sources the package which needs compilation? (Yes/no/cancel)时回答yes ？ Do you want to install from sources the package which needs compilation? (Yes/no/cancel) ，我收到以下错误消息：

In file included from capture.c:1:
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/Rinternals.h:39:11: fatal error: 'stdio.h' file
      not found
# include <stdio.h>
          ^~~~~~~~~
1 error generated.
make: *** [capture.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘rlang’

有人知道如何解决这个问题吗？ 我知道我可以只安装二进制版本，但对于未来的 package 安装来说，这似乎仍然是一个烦人的问题，如果不修复的话。

非常感谢！

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如果有帮助，这里是sessionInfo()中的 output ：

R version 4.0.0 (2020-04-24)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Catalina 10.15.4

Matrix products: default
BLAS:   /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRblas.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_4.0.0

Answer 1

我还在rlang GitHub 上发布了这个问题，其中一位开发人员建议了以下修复：

1. 创建~/.R/Makevars文件（如果不存在）
2. 将以下行添加到~/.R/Makevars ：

CPPFLAGS += -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -I/usr/local/include

这似乎为我解决了这个问题。 请注意，此修复仅适用于 macOS 10.15 (Catalina) 。

有关适用于 macOS 的 R 工具链的更多有用信息，请参见此处： https://thecoatlessprofessor.com/programming/cpp/r-compiler-tools-for-rcpp-on-macos/