[英]Assign a calculated value to an object in a function R
我正在尝试使用 function 为所有特征返回一个 object,其值为“alt_props”。 (alt_props xb) 至少应为 30,因此当计算出的 (alt_props xb) 低于 30 时,应将 alt_props 值更改为 alt_props 值 30/b。 (1:7) 是代表不同特征的列。
calc_props <- function(x, pvals, betas){
s <- colSums(pvals < 5e-8, na.rm = TRUE) #significant SNPs
t <- colSums(!is.na(pvals)) #all SNPs
b <- colSums(!is.na(betas)) #Number of betas
alt_props <- s/t #alt_prop calculation
a[x] <- 30/b #value to assign if alt_props*b < 30
alt_props[(alt_props*b) < 30] <- a[x] #check to ensure that "alt_prop*b" is atleast 30
alt_props
}
alt_props <- calc_props(1:7, pvals, betas) #the columns are the traits (7)
但是,在运行此代码时,我收到错误Error in a[x] <- 30/b: object 'a' not found
。 我怎样才能分配正确的a?
我的数据如下所示:
dput(pvals[1:10])
c(0.14, 0.87, 3.7e-23, 1.2e-07, 0.84, 0.72, 0.34, 0.13, 0.019,
8e-05)
> dput(betas[1:10])
c(-0.0021, 2e-04, -0.0141, -0.0082, -7e-04, 8e-04, 0.0021, -0.0034,
-0.0039, 0.0179)
第二次尝试这个答案。 通过使用colSums
, s
、 t
和b
应该都是相同长度的向量,您计算比例并将其存储在向量alt_props
中。 现在,如果条件(alt_props * b) < 30
,您要输入值30/b
。 我们可以尝试使用值和条件向量来做到这一点。 请参阅新的 function。 我看不到原始 function 中对x
的需求,因为它似乎仅用于以某种方式对a
进行子集化。
calc_props <- function(x, pvals, betas){
s <- colSums(pvals < 5e-8, na.rm = TRUE)
t <- colSums(!is.na(pvals)) #all SNPs
b <- colSums(!is.na(betas)) #Number of betas
alt_props <- s/t #alt_prop calculation
# Create the subsetting values and condition
condition_val <- 30/b
condition <- (alt_props*b) < 30
# Subset both the alt_props and condition values with the same vector
alt_props[condition] <- condition_val[condition]
alt_props
}
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