如何使用 Python 为每个 SNP 生成随机浮点数

Question

我正在处理 GWAS 数据，这里我有一个包含 200 万行的列名 SNP_Id，我需要为每个 SNP_Id 生成随机浮点值！ 怎么做？

Input_Data:

SNP_Id
200610-10
200610-108
200610-109
200610-116
200610-118
200610-125
.
.

就这样，我有 2M 行

Desired Output:

200610-10, 8.9
200610-108, 90.9
200610-109, 76.9
200610-116, 728.9
200610-118, 646.9
200610-125, 766.9
.
.

我试过这个：

with open('SNP.csv') as f:
    reader = csv.reader(f)
    for row in reader:
        snp_list = np.random.random(0, len(SNP.csv))

但没用，请赐教我做错了什么？

Answer 1

您可以使用 numpy ，其中 df1 是包含 GWAS snp 数据的数据框，如下所示，

   import numpy as np
   df1['randNumCol'] = np.random.uniform(0,len(df1), size=len(df1))

取自1 。