R 模型摘要 output：来自 coxph model 的稳健标准误差

Question

我在 R 中运行一系列coxph模型，并使用modelsummary package 和命令将 output 编译成 latex 表。 coxph提供 SE 和稳健的 se 作为输出，p 值基于稳健的 se。 这是一个简单的例子来说明 output：

test_data <- list(time=c(4,3,1,1,2,2,3)
                  , status=c(1,1,1,0,1,1,0)
                  , x=c(0,2,1,1,1,0,0)
                  , sex=c(0,0,0,0,1,1,1)) 
model <- coxph(Surv(time, status) ~ x + cluster(sex), test_data)

Call:
coxph(formula = Surv(time, status) ~ x, data = test1, cluster = sex)

      coef exp(coef) se(coef) robust se     z      p
x 0.460778  1.585306 0.562800  0.001052 437.9 <2e-16

Likelihood ratio test=0.66  on 1 df, p=0.4176
n= 7, number of events= 5

接下来，我尝试从这些模型中创建 latex 个表，显示稳健的 se。

modelsummary(model, output = "markdown", fmt = 3, estimate = "{estimate}{stars}", statistic = "std.error")

|                      |  Model 1   |
|:---------------------|:----------:|
|x                     |  0.461***  |
|                      |  (0.563)   |
|Num.Obs.              |     7      |
|R2                    |   0.090    |
|AIC                   |    13.4    |

如我们所见，仅显示未调整的 se。 我找不到适合这个statistic = "std.error"参数的任何替代方法，而且vcov="robust"类的参数也不起作用。

如何使用 modelsummary 为 coxph 模型显示任何类型的稳健标准误差？

感谢阅读，我们将不胜感激。

Answer 1

下一个版本的modelsummary （现在可在 Github 上获得）将在这些情况下生成信息更丰富的错误消息：

library(survival)
library(modelsummary)
test_data <- list(time=c(4,3,1,1,2,2,3)
                  , status=c(1,1,1,0,1,1,0)
                  , x=c(0,2,1,1,1,0,0)
                  , sex=c(0,0,0,0,1,1,1)) 
model <- coxph(Surv(time, status) ~ x + cluster(sex), test_data)
modelsummary(model, vcov = "robust")

# Error: Unable to extract a variance-covariance matrix for model object of class
# `coxph`. Different values of the `vcov` argument trigger calls to the `sandwich`
# or `clubSandwich` packages in order to extract the matrix (see
# `?insight::get_varcov`). Your model or the requested estimation type may not be
# supported by one or both of those packages, or you were missing one or more
# required arguments in `vcov_args` (like `cluster`).

如您所见，问题在于modelsummary本身并不计算稳健的标准误差。 相反，它将此任务委托给sandwich或clubSandwich包。 不幸的是，这些包似乎不支持这个coxph model：

sandwich::vcovHC(model)

#> Error in apply(abs(ef) < .Machine$double.eps, 1L, all): dim(X) must have a positive length

sandwich是R生态系统中的主要 package，用于计算稳健的标准误差。 AFAICT，所有其他可用的制表包（例如， stargazer ， texreg ）也使用sandwich ，因此您不太可能通过查看这些来获得成功。 如果您发现另一个 package 可以计算 Cox 模型的稳健标准误差，请在模型modelsummary存储库上提交报告。 我将调查看看是否可以添加支持。

如果您想要的信息在摘要 object 中可用，您可以按照此处的说明添加此信息：

https://vincentarelbundock.github.io/modelsummary/articles/modelsummary.html#adding-new-information-to-existing-models

tidy_custom.coxph <- function(x, ...) {
    s <- summary(x)$coefficients
    data.frame(
        term = row.names(s),
        robust.se = s[, "robust se", drop = FALSE])
}

modelsummary(model, statistic = "robust.se")

	Model 1
X	0.461
	(0.001)
Num.Obs。	7
工商总局	13.4
BIC	13.4
均方根误差	0.61