并行Python：如何为'submit'提供参数？

Question

这只是parallel-python标签的第二个问题。 通过浏览文档和谷歌搜索主题后，我来到这里，因为它是我得到答案和建议最好的运气。

以下是将所有相关信息提交给pp的API（我认为它被称为）。

    def submit(self, func, args=(), depfuncs=(), modules=(),
        callback=None, callbackargs=(), group='default', globals=None):
    """Submits function to the execution queue

        func - function to be executed
        args - tuple with arguments of the 'func'
        depfuncs - tuple with functions which might be called from 'func'
        modules - tuple with module names to import
        callback - callback function which will be called with argument
                list equal to callbackargs+(result,)
                as soon as calculation is done
        callbackargs - additional arguments for callback function
        group - job group, is used when wait(group) is called to wait for
        jobs in a given group to finish
        globals - dictionary from which all modules, functions and classes
        will be imported, for instance: globals=globals()
    """

这是我的提交声明及其参数：

job_server.submit(reify, (pop1, pop2, 1000), 
                  depfuncs = (key_seq, Chromosome, Params, Node, Tree), 
                  modules = ("math",), 
                  callback = sum.add, globals = globals())

depfuncs中的所有大写名称都是类的名称。 我不知道在哪里放类，或者即使我需要包含它们，因为它们在globals()字典中。 但是当我使用depfuncs()运行它时，它会引发错误，例如“ Tree not defined ”（例如）。

现在， key_seq是一个生成器，所以我必须使用它的一个实例才能使用.next() ：

def key_seq():
    a = 0
    while True:
        yield a
        a = a + 1
ks = key_seq()

ks在globals()定义。 当我没有把它包含在其他任何地方时，我得到一个错误，说' ks is not defined '。 当我在depfuncs包含ks时，这是错误：

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python26\Code\gppp.py", line 459, in <module>
    job_server.submit(reify, (pop1, pop2, 1000), depfuncs = (key_seq, ks, Chromosome, Params, Node, Tree), modules = ("math",), callback = sum.add, globals = globals())
  File "C:\Python26\lib\site-packages\pp.py", line 449, in submit
    sfunc = self.__dumpsfunc((func, ) + depfuncs, modules)
  File "C:\Python26\lib\site-packages\pp.py", line 634, in __dumpsfunc
    sources = [self.__get_source(func) for func in funcs]
  File "C:\Python26\lib\site-packages\pp.py", line 713, in __get_source
    sourcelines = inspect.getsourcelines(func)[0]
  File "C:\Python26\lib\inspect.py", line 678, in getsourcelines
    lines, lnum = findsource(object)
  File "C:\Python26\lib\inspect.py", line 519, in findsource
    file = getsourcefile(object) or getfile(object)
  File "C:\Python26\lib\inspect.py", line 441, in getsourcefile
    filename = getfile(object)
  File "C:\Python26\lib\inspect.py", line 418, in getfile
    raise TypeError('arg is not a module, class, method, '
TypeError: arg is not a module, class, method, function, traceback, frame, or code object

我很确定arg指的是ks 。 那么，我在哪里告诉.submit()关于ks ？ 我不明白应该去哪里。 谢谢。

Answer 1

有趣的是 - 你在进行遗传学模拟吗？ 我问，因为我在那里看到'染色体'，我曾经使用平行python开发了一个群体遗传学模拟。

你的方法看起来很复杂。 在我的并行python程序中，我使用了以下调用：

job = jobServer.submit( doRun, (param,))

我是怎么逃避这个的？ 诀窍是doRun函数不会在与调用sumbit的上下文相同的上下文中运行。 例如（人为的例子）：

import os, pp

def doRun(param):
    print "your name is %s!" % os.getlogin()

jobServer = pp.Server()
jobServer.submit( doRun, (param,))

这段代码会失败。 这是因为doRun中不存在os模块 - doRun不在与submit相同的上下文中运行。 当然，你可以在submit的module参数中传递os ，但是在doRun中调用import os不是更容易吗？

parallel python试图通过在一个完全独立的进程中运行你的函数来避免python的GIL。 它试图通过让你引用“传递”参数和命名空间到你的函数来使这更容易吞下，但它使用hacks来做到这一点。 例如，您的类将使用pickle某些变体进行序列化，然后在新进程中进行反序列化。

但是，不要依赖submit的黑客，只要接受你的功能需要完成设置它的运行上下文的所有工作的现实。 你真的有两个main功能 - 一个设置submit调用，一个通过submit调用，实际设置你需要做的工作。

如果您需要生成器的下一个值可用于pp运行，也可以将其作为参数传递！ 这避免了lambda函数和生成器引用，并让你传递一个简单的变量！

我的代码不再维护，但如果你好奇，请查看： http ： //pps-spud.uchicago.edu/viewvc/fps/trunk/python/fps.py？view = markup

Answer 2

我认为你应该传递lambda：ks.next（）而不是普通的旧ks