如何将scipy.weave.inline与外部C库一起使用？

Question

我试图理解weave.inline在我的Python程序中包装C代码。 下面的代码简单地使用Numpy数组并将其所有元素乘以2。

inl.py

import numpy
import scipy.weave

a = numpy.array([1.0, 2.0, 3.0])
N = a.shape[0]

print a
code = \
  """
  int i;
  for(i = 0; i < N; i++)
  {
    a[i] = a[i] * 2;
  }
  """

scipy.weave.inline(code, ['a','N'])
print a

然后我想将内联代码中的一些函数传递给外部库。 让它成为2的琐碎乘法。所以我创建了两个文件：

mult.c

#include "mult.h"

float mult(float n)
{
  return n * 2;
}

mult.h

float inc(float n);

现在我想在我的内联代码中使用函数mult。 但我不知道如何将我的C文件与Python内联代码链接起来。 我试图将C文件编译为共享库，并将它们作为头文件和库传递给编织，但这是徒劳的。 有什么建议么？

Answer 1

我已成功完成此操作，通过weave.inline（）代码（在Ubuntu Linux下）从R调用数学函数。

首先，将C函数编译为共享库。 就我而言，我从CRAN手中抢到了最近发布的R版本

./configure --enable-R-static-lib --enable-static --with-readline=no
cd src/nmath/standalone/
make

您现在应该有一个名为libRmath.so的文件。 如果libpath是一个包含libRmath.so的目录的字符串，那么你可以这样做

code = 'return_val = pbinom(100, 20000, 100./20000., 0, 1);'
support_code = 'extern "C" double pbinom(double x, double n, double p, int lower_tail, int log_p);'
weave.inline(code, support_code=support_code,
    library_dirs=[libpath], libraries=["Rmath"], runtime_library_dirs=[libpath])

注意几件事。 头部声明必须在support_code ，而不是code （我不知道为什么），并且它们必须以extern "C"为前缀，因为它们是C代码，而不是C ++（这是标准的）。 应该可以包含头文件而不是使用support_code （检查weave.inline的文档），但我还没有尝试过。 库名是Rmath ，但共享库文件是libRmath.so ，在通常的Unix惯例中。 并且指定库的路径两次，一次用于链接，一次用于执行。

希望这可以帮助！

Answer 2

将mult.c和mult.h的源代码放在名为extra_code的字符串对象中，然后在.weave调用中添加以下行

support_code=extra_code,

还可以选择包含标准库，如下所示：

headers = ["<math.h>"]

请享用