无法打开文件：“NameError: name<filename> 没有定义”

Question

我正在创建一个程序来读取 FASTA 文件并在某些特定字符处拆分，例如“ > ”等。但我遇到了一个问题。

程序部分是：

>>> def read_FASTA_strings(seq_fasta):
...     with open(seq_fasta.txt) as file: 
...             return file.read().split('>') 

错误：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
NameError: name 'seq_fasta' is not defined

如何摆脱这个问题？

Answer 1

您需要将文件名指定为字符串文字：

open('seq_fasta.txt')

Answer 2

您需要引用文件名： open('seq_fasta.txt') 。

除此之外，您可以选择不同的名称，但file因为使用此名称会掩盖内置名称。

Answer 3

您的程序将 seq_fasta.txt 视为对象标签，类似于您在导入 math 模块后使用 math.pi 的方式。

这是行不通的，因为 seq_fasta.txt 实际上没有指向任何内容，因此您的错误。 您需要做的是在“seq_fasta.txt”周围加上引号，或者创建一个包含该对象的文本字符串对象，并在 open 函数中使用该变量名。 由于 .txt 它认为 seq_fasta（在函数头中）和 seq_fasta.txt（在函数体中）是两个不同的标签。

接下来，你不应该使用文件，因为它是 python 的一个重要关键字，你最终可能会遇到一些棘手的错误和坏习惯。

def read_FASTA_strings(somefile):
    with open(somefile) as textf: 
        return textf.read().split('>')

然后使用它

lines = read_FASTA_strings("seq_fasta.txt")